Sendo um descendente do clã Uzumaki, Naruto herdou uma incrivelmente e forte força de vida. Isto lhe dá uma força e vitalidade extraordinária e, por extensão, um longo tempo de vida, o que lhe permite sobreviver aos efeitos destruidores das células de ódio de Kurama dentro do seu chakra várias vezes. Ela também dá a Naruto um grau de cura acelerada (sendo capaz de se recuperar de pequenas lesões em poucos segundos e ferimentos graves em um dia). Apesar de sua pouca idade, Naruto tem sido repetidamente anotado por ter uma enorme reserva de chakra excepcionalmente forte, para o qual Kakashi, estima em pelo menos quatro vezes maior do que o seu próprio durante as suas missões iniciais juntos com o Time 7.

Quando Naruto cresceu, suas reservas aumentaram muito, chegando ao ponto onde ele pode ser treinado nosenjutsu e entrar no Sennin Mōdo. Além disso, Karin comenta que o chakra de Naruto é quente e brilhante, exatamente o oposto de Sasuke. O chakra de Naruto também é mostrado por ser extremamente potente, de tal forma que ele foi percebido por todo o caminho até Konohagakurepor Sasuke Uchiha, Suigetsu Hōzuki, Jūgo e Orochimaru - sendo que nenhum dos quais, como Orochimaru observa, são tipos sensores.

Inicialmente, Naruto tinha um pobre controle de chakra, em parte devido à forma como o chakra de Kurama interferia com o seu próprio, embora isto não fosse um grande problema devido as imensas reservas de Naruto. Eventualmente, com o treinamento com Ebisu e, posteriormente, Jiraiya, Naruto começou a exercer um melhor controle de seu chakra. Durante a Quarta Guerra Mundial Shinobi, Kurama nota que Naruto é a única pessoa que pode se sincronizar completamente com o seu chakra, devido à sua exposição constante ao longo de sua vida, em primeiro lugar através de suamãe e, em seguida, depois de se tornar seu jinchūriki logo após seu nascimento. Além disso, a raposa fica impressionada quando Naruto foi capaz de alterar este chakra para ser repassado para todos os shinobi no campo de batalha, o que não foi uma tarefa fácil devido a cada pessoa ter suas próprias características únicas e personalidades. A este respeito, Kurama nota que Naruto havia superado seus pais. Kakashi Hatake observa que, quando comparado com o chakra transferido a ele pela própria raposa, a versão de Naruto é muito mais densa e forte. Quando este chakra foi transferido, para todos os shinobi eles ficaram com seus corpos encobertos por um manto de chakra semelhante a Versão 1, que aumentaram suas habilidades tremendamente. Os mantos são fortes o suficiente para proteger os shinobi das técnicas Katon poderosas tanto de Madara como de Obito Uchiha, além do Tenpenchii do Jūbi, sem serem danificados. Não só isso, Naruto pode controlar cada manto dos indivíduos para proteger seus aliados.

Durante a Quarta Guerra Mundial Shinobi, Naruto recebeu um pouco do chakra dos outros bijū, excluindo Gyūki; os efeitos desses chakra são atualmente desconhecidos. No entanto, seu poder parece ter um efeito sobre o Jūbi, quando após detectar sua presença, ele fica furioso.