Naruto nasceu como o filho do Quarto Hokage, Minato Namikaze e da segunda jinchūriki de Kurama, Kushina Uzumaki. Os pais de Naruto o nomearam com o nome do personagem principal do primeiro livro deJiraiya, tornando o Sannin seu padrinho. Antes do nascimento de Naruto, seus pais e do Terceiro Hokage Hiruzen Sarutobi temiam que seu nascimento iria quebrar o selo que mantinha Kurama em Kushina. O plano para garantir que isso não ocorresse foi levar Kushina para um local secreto fora da aldeia com Biwako Sarutobi e Taji como suas parteiras, além de alguns ANBU como segurança, e Minato para manter o selo no lugar. No entanto, a notícia sobre o momento de Kushina dar à luz chega até um ninja mascarado que pretende levar a raposa para seus próprios fins malignos. Matando as parteiras e os ANBU, o homem mascarado leva o recém-nascido Naruto como refém para manter Minato longe da Kushina para que o selo possa ser destruído.

Embora Minato consiga salvar Naruto e o levar para um local seguro, o ninja mascarado consegue libertar Kurama e a usa para devastar Konoha. Salvando Kushina, Minato deixa Naruto com ela enquanto ele sai para salvar sua aldeia. Depois de romper o controle do ninja mascarado sobre o Bijū, Minato percebe que a única maneira de parar Kurama era selá-la dentro de Naruto, acreditando que seu filho iria algum dia precisar da energia da raposa para derrotar o ninja mascarado quando ele voltasse. No entanto, enquanto ele sacrificava a sua alma para enfraquecer Kurama, Minato e Kushina são mortos quando levam um golpe fatal da raposa, que visava atingir Naruto, porém, ele consegue selar a raposa em seu filho. Órfão, Naruto foi deixado para crescer sem saber nada sobre seus pais, recebendo apenas o sobrenome de sua mãe como Hiruzen acreditava que era melhor que ninguém soubesse que ele estava relacionado com o quarto Hokage.

Apesar do pedido final de Minato para Hiruzen para que os moradores vissem Naruto como um herói que ajudou a derrotar Kurama, apenas o Terceiro Hokage e alguns dos aldeões honrarão seu pedido. Todos ressentiam ele por conter a besta que destruiu a aldeia, alguns até mesmo o viam como a próprio raposa. Além disso, Hiruzen fez um decreto para proibir qualquer menção da natureza de Naruto comoJinchūriki na esperança de que as outras crianças não iriam ressentir ele. No entanto, mesmo sem saber o motivo, a maioria das crianças seguiram o exemplo de seus pais e rejeitavam Naruto. O isolamento social fez Naruto desenvolver uma necessidade de ser reconhecido através de travessuras.

Naruto mais tarde se matriculou na Academia. No anime, um dia, ele foi confrontado por Sakura Haruno, Ino Yamanaka, Shikamaru Nara eChōji Akimichi. Acusaram-no de fazer alguém chamado Yota que era um desconhecido para a aldeia desaparecer. Vendo eles olharem para ele com desconfiança, igual ao resto da vila, Naruto fica furioso e sai correndo, com tanta raiva das pessoas por gostarem de um estranho e não dele. Em seguida, ele ouve um menino chorar, que estranhamente parecia controlar o tempo, tornando suas lágrimas em chuva. Naruto então percebe que o menino era Yota. Gostando imediatamente de Naruto, o menino pediu-lhe para ensiná-lo a assobiar, pois ele viu Naruto fazer isso antes. Quando Naruto começa a lhe ensinar, os dois logo se tornam amigos íntimos. Mais tarde, Naruto e Yota começam a brincar junto com outras crianças de Konoha que sabiam sobre Yota. Um dia, durante uma brincadeira de esconder, Yota insistiu em se esconder com Naruto. Quando Naruto disse-lhe para se esconder em outro lugar, Yota erroneamente pensou que Naruto não gostava mais dele e fugiu chorando. Seu choro causou outro efeito de chuva, que alertou a ANBU. Quando eles levaram Yota preso, Naruto e os outros tentaram impedir a ANBU, mas sem efeito.

Na Academia, Naruto tornou-se aluno de Iruka Umino e conheceu seu companheiro de classe Sasuke Uchiha quando os dois foram escolhidos para formarem um par para treinarem um contra o outro. Apesar de animado com a chance de se tornar popular ao derrotar Sasuke, Naruto foi facilmente derrotado. Ao olhar para os olhos de Sasuke, Naruto percebeu que eles estavam cheios de ódio. Quando Iruka diz para eles fazerem o selo de reconciliação, os dois se recusam. Desde então, Naruto vê Sasuke como um rival e destinado a vencê-lo. Quando Naruto descobriu que Sasuke também era órfão, ele fica secretamente feliz por não ser o único sozinho e queria falar com ele, mas não consegue por causa de seu ciúme com as habilidades de Sasuke. Ainda assim, Naruto desejou que, algum dia, Sasuke iria reconhecê-lo como um igual.