No início da série, as habilidades ninja de Naruto eram média ou insignificantes, como pode ser visto a partir de sua capacidade inapta para realizar um Bunshin no Jutsu básico. Uma das únicas técnicas que ele conseguia fazer sem falha era o Henge no Jutsu, e sua própria variante da técnica original chamada de Oiroke no Jutsu; uma criativa, mas completamente inútil técnica de distração. Ao longo da Parte I, ele aprende uma série de técnicas de curto alcance, que são expandidas durante seus dois anos e meio de treinamento com Jiraiya. Durante a Parte II, ele começa a dominar as técnicas de maior alcance, como o Fūton: Rasenshuriken e a Bijūdama. Embora Naruto seja oficialmente classificado como um genin, (devido a não ter podido participar do Exame Chūnin), ele já realizou muitas técnicas de nível jōnin e até mesmo de nível Kage.

Na Parte I, Naruto foi regularmente anotado por ter um grande potencial por alguns dos ninjas mais fortes como Kakashi, Kabuto e até mesmo os Sannin, mostrando-se como um prodígio mais tarde. Iruka comenta que Naruto poderia superar todos os outros Hokage anteriores, quando o viu usar o Tajū Kage Bunshin no Jutsu para derrotar Mizuki. Quando Orochimaru viu ele derrotar Kabuto, ele imediatamente reconsidera a sua avaliação anterior do potencial de Naruto e tenta matar Naruto, por medo do que ele se tornaria. Até mesmo Sasuke começa a ficar irritado não só com o quão rápido Naruto estava se aproximando dele desde o Exame Chūnin por ser capaz de derrotar Gaara enquanto ele não pôde, mas também como ele teria provavelmente perdido para Naruto se Kakashi não tivesse interferido na luta deles.

Grande parte do potencial de Naruto se manifesta durante a Parte II, mostrando que ele é capaz de lutar igual para igual contra os membros rank-S da Akatsuki. Sua vitória sobre os Seis Caminhos da Dor de Nagato lhe rendeu grandes elogios no mundo ninja: onde os moradores de Konoha agora acreditam que ele pode se tornar um Hokage depois disso, ganhando, assim, status de um shinobi de renome dentro de Konoha. Zetsu, depois de ver a batalha, comenta que Naruto provavelmente se tornou mais forte do que Sasuke, que também mostrou uma melhora semelhante contra membros da Akatsuki. Shikaku Nara também considera que Naruto está em uma outro nível depois de aprender o senjutsu. Naruto também ganha o reconhecimento de outros indivíduos extremamente poderosos, como Kurama e até mesmo Madara Uchiha. Com seu treinamento e controle do poder de Kurama, ele consegue lutar tanto contra os Kage da geração anterior como os Kage atuais no campo de batalha. Depois de ganhar a cooperação de Kurama e ter acesso a todo o seu poder, ele pôde lutar contra três Bijū com facilidade, enquanto lutava ao lado de B que cuidava dos outros dois com sua forma completamente transformada e, em seguida se igualar ao poder combinado da Bijūdama dos cinco Bijū com sua própria.

Eventualmente, até mesmo o Jūbi começa a vê-lo como uma ameaça ao ver que Naruto o lembra do Rikudō Sennin, depois de sentir o chakra dos outros oito Bijū, fazendo ele ter que se fortalecer ainda mais.