De seu arsenal de habilidades, Naruto é mais conhecido por seu uso de clones das sombras. Curiosamente, durante o seu tempo na Academia Naruto tinha muitos problemas para fazer o Bunshin no Jutsu que o levou a falhar constantemente nos exames de graduação. No entanto, depois de pegar o Pergaminho dos Selos ele foi capaz de aprender o Kage Bunshin no Jutsu e sua versão em larga escala, ambas sendo habilidades de nível jōnin. O uso dos clones das sombras se tornaria sua primeira técnica de assinatura, uma das duas bases de seu ninjutsu, e, mais tarde, a base de suas habilidades de treinamento. O Kage Bunshin no Jutsu aproveita a enorme reserva de chakra que Naruto possui, que ainda é reforçada por ele ser jinchūriki de Kurama. Naruto é capaz de criar mais de um milhão de clones,^[101] e deixar uma quantidade decente de chakra em cada um deles. Devido a isso, Naruto pode usar os seus clones das sombras extensivamente no campo de batalha, assim como para acelerar o seu treinamento.

Inicialmente, Naruto criava uma multidão de clones para dominar seus adversários. Outras vezes, porém, ele empregava o uso do Henge no Jutsu para alterar a aparência desses clones para pegar o alvo desprevenido. Após dois anos e meio, Kakashi observou que o timing de Naruto com a técnica melhorou drasticamente ao ponto onde mesmo ele estando preso por Kakashi, Naruto ainda conseguiu rapidamente fazer um clone das sombras por trás de Kakashi com uma kunai na mão.^[102] Durante a Parte II, Naruto descobre que tudo o que seus clones das sombras aprendem, ele, o original, também aprende. Usando isso, ele é capaz de aprender técnicas que normalmente levariam meses ou anos em dias, o que acelera muito o seu treinamento. Naruto aproveita isso, muitas vezes, usando clones das sombras para determinar as habilidades de seus oponentes, para determinar quantos clones ele realmente precisa para derrotá-los em vez de simplesmente perder chakra em milhares de clones.^[103] No anime, é mostrado que Naruto pode usar uma versão em maior escala em várias ocasiões para formar correntes humanas, tanto para ofensiva como para razões suplementares.

Apesar dos riscos do chakra de Naruto ser drenado mais rapidamente por Kurama sempre que ele usa o Kage Bunshin no Jutsu, enquanto ele esta no Kyūbi Chakura Mōdo, Naruto usou o Tajū Kage Bunshin no Jutsu para se espalhar por todos os campos de batalha, embora ele não tenha criado tantos como ele normalmente faz.^[104][105] Sua relação com Kurama tem melhorado desde então, permitindo que Naruto possa criar clones no Bijū Mōdo sem ter seu chakra drenado. Naruto também usa seus clones das sombras de uma forma mais inovadora para que ele possa acessar seus vários modos, tais como o Sennin Mōdo e o Kyūbi Chakura Mōdo, juntamente com suas respectivas habilidades, simultaneamente, através de seus clones.