Parte II
Resgate do Kazekage
Quando Naruto voltou para Konoha, os membros restantes do Time 7 foram colocados no novo Time Kakashi. Como sua primeira ordem de negócios, Kakashi deu-lhes um outro teste com os sinos, desta vez o único objetivo era obter realmente os sinos, e que Kakashi iria usar o seu Sharingan contra eles. Apesar de suas capacidades tivessem melhoradas, Naruto e Sakura ainda não eram capazes de vencer Kakashi, e foi só ameaçando estragar o final do último livroIcha Icha que distraiu Kakashi tempo suficiente para tomar os sinos. Naruto encontrou com seus velhos amigos, que ouviu falar que todos eles já haviam se tornado Chūnin e Jōnin e que Gaara, o novo Kazekage, tinha sido seqüestrado pela Akatsuki. O Time Kakashi partiu para Sunagakurepara salvá-lo.
Ao chegar em Sunagakure, Chiyo foi adicionada ao Time Kakashi, e seguiram a trilha da Akatsuki. Ao longo do caminho, eles encontraram um corpo falso de Itachi Uchiha, que os desafiou na batalha. Kakashi e Naruto se uniram para derrotar o sósia, antes de prosseguir para o esconderijo da Akatsuki. Lá, eles encontraram o corpo de Gaara, na posse de Deidara e Sasori. Quando Deidara voou com o corpo de Gaara, Naruto e Kakashi o perseguia, deixando Sasori para Chiyo e Sakura. Embora inicialmente incapazes de capturar Deidara, Kakashi foi capaz de usar seuMangekyō Sharingan para distrair Deidara, dando uma oportunidade para Naruto para atacá-lo e recuperar Gaara. Deidara escapou, e Naruto e Kakashi se reuniram com Sakura e Chiyo.
Sai e Sasuke
Durante a batalha de Sakura contra Sasori, ela descobriu de um espião no esconderijo de Orochimaru, uma oportunidade para eles encontrarem Sasuke após anos de ausência. Kakashi ficou internado por excesso do uso do Sharingan, por isso Yamato foi designado para liderar o Time Kakashi em seu lugar. Sai também foi adicionado à equipe como substituto de Sasuke, mas nem Sakura e nem Naruto foram capazes de aceitá-lo como tal.
No caminho para o lugar de encontro com o espião, Yamato tentou levar o time para trabalhar em grupo, embora a personalidade de Sai apenas causou conflito entre a equipe. Quando eles chegaram ao ponto de encontro, eles descobriram que o espião era Kabuto. Yamato disfarçado como Sasori, falou com ele, mas foram interrompidos pela chegada de Orochimaru. Kabuto, por sua vez, voltou-se contra Yamato, que foi forçado a chamar Naruto e os outros para a luta. Surpreso ao ver Naruto, Orochimaru pensou em voz alta, se Naruto tinha se tornado tão forte como "seu Sasuke". Enfurecido, que Orochimaru havia falado como se Sasuke lhe pertencia, Naruto entrou na sua forma de três caudas, e atacou.
Orochimaru foi capaz de evitar os ataques de Naruto. Além disso provocado por sua incapacidade em um golpe debilitante, Naruto avança para a sua forma de quatro cauda, perdendo o senso de si em sua raiva. Agora, um perigo para Orochimaru, Naruto foi jogado com um ataque e posteriormente atacando Sakura, quando ela tentou parar a transformação de Naruto. Yamato conteu Naruto antes que ele pudesse fazer algum realmente mal, e forçou a influência da Kyūbi no Yōko a diminuir. Quando ele acordou, eles descobriram que Sai tinha se juntado com o Orochimaru. Eles seguiam na esperança de que ele iria levá-los a Sasuke, e ver o que estavam fazendo. Durante uma pausa, Yamato chamou Naruto e lhe contou que foi ele quem atacou Sakura, incentivando-o a não contar com a Kyūbi se ele realmente queria proteger as pessoas próximas a ele.
Quando chegaram ao esconderijo de Orochimaru, eles se infiltraram no covil, e capturaram Sai. Exposto, Sai revelou que seus superiores lhe tinha enviado para ajudar a organizar uma nova invasão de Konoha. Ele foi contido por sua traição, enquanto os outros foram à procura de Sasuke. Sai, que anteriormente encontrou Sasuke, perguntou por que Naruto estava determinado a trazê-lo de volta. Naruto explicou que os dois tinham um vínculo que não podia ser quebrado, e que ele iria arriscar sua vida para proteger esse vínculo. Intrigado, Sai mudou de ideologia, ajudando-os a capturar Kabuto e examinar a base, a fim de reunir Sasuke com Naruto. Ele conseguiu, mas foi atacado por Sasuke, a magnitude do ataque chamou a atenção do resto do Time Kakashi a sua localização.
Juntos novamente, Naruto e Sakura tentaram convencer Sasuke a voltar para casa. Ainda determinado a ganhar o poder, ele se recusou, o que levou a equipe a usar a força. Seus esforços foram infrutíferos, e Naruto, que estava exausto de sua luta com Orochimaru na sua forma de quatro caudas, não foi capaz de competir com o crescimento de Sasuke, rejeitando o Nove-Caudas. Dentro de seu subconsciente, ele contou que nunca quis a sua ajuda novamente, mas foi interrompido por Sasuke que entrou no subconsciente de Naruto que a Kyūbi desistiu de espalhar a sua influência. No mundo real, Sasuke tentou acabar com seus ex-companheiros de time derrotados. Mas ele foi interrompido por Orochimaru e eles se retiraram, deixando Time Yamato voltar para casa.
Doze Ninjas Guardiões
No anime, Time Kakashi, com Yamato ainda no comando, foi enviado em uma missão para oTemplo do Fogo. Lá eles conheceram Sora, um jovem monge que abertamente detestava Naruto. Apesar disso, Sora foi adicionado à sua equipe para ajudar a investigar o roubo de sepulturas de uma série de ex-membros do Doze Ninjas Guardiões. Pouco depois do início da investigação, Naruto percebeu que os outros monges tratavam Sora assim como os aldeões de Konoha o tratavam: com desprezo e deixando-o na solidão. Naruto perguntou a ele sobre isso, mas Sora apenas respondeu que ele não culpavá-os.
Ao encontrar os ladrões de túmulos, Naruto foi forçado a lutar com Fūka, uma mulher que estava tentando beijar Naruto. Através do uso de clones de sombra, ele foi capaz de escapar de seus avanços, apenas para descobrir que ela era um mestre em todos os cinco tipos de jutsus elementais. Logo depois, ela conseguiu beijá-lo, um ato que sugou todo o chakra de seu corpo. Uma vez que seu chakra normal foi sugado, no entanto, ela começou a sugar o chakra do Nove-Caudas, uma força que não podia segurar, e que interrompeu o beijo de Fūka. Ela se retirou com sua equipe, e o Time Kakashi voltou para Konoha, com Sora como um substituto temporário para Sai.
Naruto continuou a tentar ser amigo de Sora, só para ele e os esforços de outros em Konoha sendo recusados. Quando, mais tarde, Naruto encontra Sora que tentou matar Asuma e Tsunade. Depois de parar ele, Naruto perguntou por que Sora estava sendo tão hostil. Ele descobriu que Asuma tinha matado o pai de Sora. Asuma logo chegou a tentar explicar, mas Sora saiu correndo. Naruto mais uma vez, o seguiu, mas foi parado por Fūka. Forçado a lutar com ela de novo, Naruto foi atacado, apenas para descobrir que ela estava aparentemente regenerando seus ferimentos trocando de corpos. Ao perceber que ela tinha parado de usar certos elementos, Naruto percebeu que tinha alguma nas técnicas de Fūka, e que cada corpo tinha sua própria afinidade que ela pudesse alternar. Chegando na conclusão de que sua alma residia nos cabelos, Naruto destruiu todos os corpos de Fūka e destruiu seu cabelo, matando-a. Em seguida, ele continuou perseguindo Sora.
Quando ele chegou em Konoha, Naruto descobriu que não só era o pai de Sora ainda está vivo, mas que ele estava por trás de vários roubos graves. A questão mais premente, porém, era que ele tinha, anos antes, selado alguns dos chakras superiores, deixadas para trás durante o ataque do Nove-Caudas, em Sora, e tentou usar seu poder para destruir Konoha. Quando Sora perdeu o controle do chakra da Kyūbi dentro dele, Naruto também lutou para controlar o Nove-Caudas na tentativa de criar uma forma de quatro caudas. Ele foi capaz de manter os seus sentidos, no entanto, forçou a influência do Nove-Caudas a recuar, e foi capaz de chegar até Sora para ajudá-lo a voltar ao normal de volta. O chakra da Kyūbi foi expulso do corpo de Sora e, finalmente ficou livre, ele se despediu de Naruto antes de sair para explorar o mundo.
Hidan e Kakuzu
Kakashi, esperando preparar Naruto para seu próximo encontro com Sasuke, treinou-o para criar um novo jutsu baseado no Fūton. No anime, esta formação começou e continuou durante todo oarco Doze Ninjas Guardiões, com Naruto procurando a assistência de Asuma e Sora, dois outros usuários de chakra vento. Naruto tinha que treinar com clones de sombra para dominar a manipulação do vento em apenas uma fração do tempo. Quando ele fez isso, Kakashi deixou com a tarefa de combinar o que tinha aprendido com o Rasengan. Ele explicou que a natureza do chakra uma infusão com o Rasengan de Minato era o que tinha a intenção de fazer quando ele criou o Rasengan, mas não tinha sido capaz de o fazer antes de morrer. Kakashi acredita que Naruto é capaz de provar o sucesso que seu pai não pôde, Naruto inspirado para fazer o seu melhor.
Enquanto ele lutava para criar seu novo Rasengan, o resto de Konoha estava mobilizada para lidar com os membros da Akatsuki,Hidan e Kakuzu. Quando os dois conseguiram matar Asuma, Kakashi deixou Yamato encarregado de supervisionar a formação de Naruto para que ele pudesse ajudar o Time 10 a vingar a morte de Asuma. Depois que ele conseguiu um jutsu utilizável, Naruto e o Time Yamato foram ajudar o Time 10, chegando a tempo de salvar Kakashi e o Time 10 de Kakuzu. Naruto se envolveu em uma luta com Kakuzu sozinho utilizando o Fūton: Rasenshuriken, formado com a ajuda de clones de sombra. Depois de golpear Kakuzu com o ataque, dois de seus corações foram destruídos, e seu coração final foi deixada à beira da falência. Cansado pelo esforço, as lesões de Naruto foram curadas enquanto Kakashi acabou com Kakuzu.
Após voltarem para Konoha, Naruto foi proibido por Tsunade de usar o Fūton: RasenShuriken novamente. A técnica causou ferimentos leves no braço de Naruto. Mesmo que eles não eram tão maus como os ferimentos seus adversários, era prejudicial suficiente para causar o braço para ser médico, se além do reparo realizado novamente com o contato da mão dele e do adversário, ameaçando ele e sua esperança de continuar a ser um ninja. Naruto diz que ele percebeu isso, mas alegou que ele compreendeu o seu próprio corpo melhor do que ninguém.
Sanbi
No anime, enquanto Naruto ainda se recupera de um excesso de usar o seu Rasenshuriken, Jiraiya apareceu para felicitar mais recentes sucessos do seu aluno: derrotar um dos membros da Akatsuki e completar o jutsu do Minato. Jiraiya se ofereceu para levar Naruto em uma outra viagem para treiná-lo, o que Naruto concordou rapidamente. Na verdade, a principal razão para a retirada de Naruto de Konoha foi novamente para que ele não pudesse se juntar à Kakashi e o Time 8 na missão de encontrar as últimas esconderijo de Orochimaru. Para o seu treinamento, eles foram para uma cidade vizinha para ensinar Naruto como usar um jutsu de colaboração com sapos.Gamariki foi inicialmente invocado para ajudar neste esforço, mas quando Naruto provou ser incapaz de trabalhar com ele, Gamakichi e Gamatatsu foram invocados.
Mais tarde, enquanto descansava em uma termas, Naruto encontrou um garoto chamadoYūkimaru. Eles conversaram por um curto período de tempo sobre os vínculos, o que fez Yūkimaru feliz. Quando Yūkimaru sai, Naruto continuou seu treinamento, e começou a ter sucesso no jutsu sincronizado com Gamakichi e Gamatatsu. Jiraiya foi logo chamado, então, eles voltaram para Konoha, onde Gamatatsu e Naruto aprenderam como fazer jutsu à base de água juntos. Logo depois, ele se encontrou com Sai, que deixou escapar que o resto da equipe estava a ponto de fornecer ajuda à Kakashi e ao Time 8 na sua busca de Orochimaru. Determinado a ajudar, a fim de encontrar Sasuke, Naruto convenceu Tsunade a deixá-lo ir também.
Enquanto procurava pelo Time 8, Naruto encontrou Yūkimaru novamente, e lhe ofereceu a oportunidade de acompanhá-lo de volta para Konoha, em resposta à qual Yūkimaru desapareceu rapidamente. Quando o Time Yamato foram parados por uma barreira de cristal de Guren, Naruto invocou Gamakichi e Gamatatsu para ajudar. Usaram então o Fūton: Gama Teppō para romper a barreira, e no lado oposto eles encontram o Time 8. Quando eles perceberam que Hinata tinha sido capturada, eles ajudaram a resgatá-la, antes de recuar. As equipes seguiram Guren à um lago, onde Naruto foi enviado na frente para explorar a área. Ele encontrou Guren e seus companheiros (entre eles Yūkimaru) juntamente com o Sanbi, que criou uma onda que levou-os todos de volta à costa.
Enquanto o time decidiu o que fazer com o Três-Caudas, Naruto saiu para encontrar Yūkimaru. Ele encontrou Guren mais uma vez, e eles discutiram sobre o que realmente fazer Yūkimaru feliz. Yūkimaru logo apareceu bem, mas depois de afirmar que apreciavam os esforços de Naruto, mas preferia ficar com Guren, saiu com ela. Antes que ele pudesse ir atrás deles, ele foi chamado de volta para ajudar com o Bijū, sendo seu objetivo evitar Guren e seu grupo de interferir com o seu selamento.
Apesar de seus melhores esforços, Guren foi capaz de parar o selamento. Yūkimaru usando isso como uma oportunidade para tentar controlar o animal, fez tanto Naruto e Guren irem se preocupar. No processo, os dois foram comidos pelos Três-Caudas, dando-lhes a oportunidade de conversar e descobrir o que ambos os interesses em Yūkimaru em mente. Deixando suas diferenças de lado, eles uniram-se para escapar. Lá fora, eles encontraram Rinji dando pílulas para Yūkimaru. Depois de Naruto e Guren conseguirem parar Rinji, eles descobriram que ele era realmente Kabuto disfarçado. Kabuto revelou que Rinji tornou-se parte de sua coleção de cadáver há muito tempo, e foi reanimado pelo seu ninjutsu médico.
Enquanto Naruto enfrentava Kabuto, Rinji foi ressucitado e lutou contra Guren, cujo seus jutsus de morcegos derrotavam o elemento cristal de Guren. Após Guren se sacrificar para derrotar Rinji, Yūkimaru entrou como um desabafo emocional que deu o Três-Caudas o poder de libertar a barreira de selamento de Konoha. Depois, quando o Sanbi escapa e Kabuto desaparece, Naruto foi para ajudar Yūkimaru enfraquecido. Mais tarde, Shizune foi capaz de curar Yūkimaru, mas explicou a sua rede chakra estava muito danificada e que ele nunca mais poderia controlar o Três-Caudas novamente.
Na manhã seguinte, depois de Tsunade ordenou a equipe para voltar a Konoha, Naruto descobriu que Yūkimaru havia desaparecido. Depois de descobrir que Yūkimaru tinha deixado o cristal de Guren para trás, ele percebeu que Guren ainda estava viva, e que ela estava com Yukimaru. Sabendo que os dois estavam bem juntos, ele decidiu não prosseguir com eles. Apesar de não ter ocorrido o selo de três caudas, o teste bem sucedido de Yūkimaru inspirou Naruto mais do que nunca para trazer Sasuke de volta para seu verdadeiro lar, com seus amigos em Konoha.
Caçada por Itachi
Após a notícia de que Sasuke matou Orochimaru, Time Kakashi decidiu fazer outra tentativa de encontrá-lo. Sabendo que Sasuke estava indo atrás de seu irmão mais velho, Itachi Uchiha, eles se uniram com os membros do Time 8 para encontrar um dos irmãos Uchiha. Eles vasculharam a paisagem e, finalmente, encontraram Kabuto, que absorveu pedaços do corpo de Orochimaru em seu corpo.
Após o reagrupamento e de Kiba pegar a pista do cheiro de Sasuke, Naruto usou uma série de clones de sombra para a área de busca mais rápido. Quando um de seus clones se aproximou do que ele pensava que era local de Sasuke, ele encontrou Itachi lá. Itachise desviava todas as tentativas de Naruto de atacá-lo, insistindo que ele só queria conversar. Itachi prendeu Naruto em um genjutsu e, mais tarde foi revelado, questionou Naruto em sua dedicação ao Sasuke e a Konoha. Quando Naruto insistiu que iria proteger eles a qualquer custo, Itachi deu a Naruto alguns de seu poder no caso de ele vir a precisar. Itachi fugiu, e Naruto continuou a sua busca, encontrando eventualmente Sasuke.
Kinjutsu do Clã Tsuchigumo
No anime, depois de não conseguir recuperar Sasuke, a sua viagem de volta para Konoha foi interrompida por Katsuyu, mandada por Tsunade, enviando o Time Yamato para ajudar o clã Tsuchigumo para proteger o kinjutsu do clã, Dohatsuten. Ao chegar na fortaleza do clã Tsuchigumo, eles descobriram que o kinjutsu estava com a neta do ex-líder do clã, En no Gyoja. Quando o Time Yamato encontrou ela, Naruto atacou o homem que estava perto dela, o jinchūriki do Rokubi, Utakata, acreditando ser ele o inimigo. Ao ver a força dos ninjas de Konoha, Utakata deixou Hotaru ao seu cuidado e saiu.
Devido ao seu desejo de ser ensinado por Utakata, Hotaru recusou a ajuda da equipe de Yamato, mas Yamato tinha um plano para usar o jutsu de Sai para criar sanguessugas para fazer Hotaru ficar com medo e pedir a ajuda do Time Yamato na sua viagem até a Vila Tsuchigumo. Quando eles chegaram, eles deixaram Hotaru sob cuidado dos moradores, mas Naruto, observando a forma como os moradores olhavam para ela, voltou para se certificar que estava tudo bem. No entanto, quando Naruto retornou, percebeu que Hotaru tinha sido capturada por bandidos e os moradores nem sequer cuidaram dela, então Naruto e sua equipe sairam para encontrá-la. Quando Naruto encontrou um grupo de Oinin de Kirigakure fazendo Hotaru de refém e tentando capturar Utakata, Naruto atacou um dos ninjas de Kiri, liberando Utakata, e tentou resgatar Hotaru.
No entanto, antes que a luta pudesse aumentar ainda mais, Yamato e líder da ANBU de Kiri,Tsurugi, decidiram que para a duração da missão da equipe da Yamato, Utakata permanecerá com Hotaru, e Konoha não iria interferir com a sua captura de Utakata depois, a fim de evitar começar uma guerra desnecessária entre Konoha e Kiri. Antes de partir, Tsurugi disse a Naruto que Utakata era procurado pelo assassinato de seu mestre, uma revelação que deixou Hotaru chocada. Apesar disso, Naruto insistiu que Utakata era um bom homem e ela não deve perder a fé nele, explicando que, como ele poderia se relacionar com ela, porque ele nunca teve os pais a olhar para qualquer um, mas passaram a respeitar seu mestre Jiraiya, apesar de ele ser muito estranho e pevertido. Enquanto viajavam, Hotaru sentiu a dor de uma ferida feita pelos Oinins de Kiri. Enquanto Utakata tendeu Hotaru, ele instruiu para Naruto encontrar as ervas necessárias para curá-la. Quando ele voltou com as ervas, ele descobriu que Hotaru tinha sido feita de recipiente para o kinjutsu do seu clã, não muito diferente de como ele foi feito o Jinchūriki do Nove-Caudas.
Inicialmente, Naruto ficou furioso ao ver que Hotaru tinha sido transformada em uma arma viva, mas ela lhe disse que ela que decidiu receber o selo do kinjutsu para ajudar a reviver seu clã. Quando eles chegaram à fortaleza do clã Tsuchigumo, onde Tonbee estava sendo atendido por Sakura, Tonbee disse-lhe que o clã Tsuchigumo é muito fraco para nunca ser restaurado e acredita que é melhor para destruir o kinjutsu, usando uma técnica especial para evitar que Hotaru seja prejudicada, desenvolvida por seu avô no caso de o kinjutsu tiver que ser destruído. No entanto, Hotaru ainda gostariam de reviver seu clã, e perguntou para Naruto para encontrar Shiranami, que sabia como usar o kinjutsu do seu avô. Simpatizando com o desejo de Hotaru de seguir os sonhos de seu mestre, Naruto pediu dois dias para encontrar Shiranami. Após várias tentativas falhadas, Naruto foi avisado por um homem velho que ele conhecia onde Shiranami morava. Depois que ele entrou em sua casa, no entanto, Naruto foi emboscado pelo Time Shiranami, e então descobriu que Shiranami era realmente o líder dos bandidos. Preso dentro de uma barreira de drenagem de chakra, Naruto foi resgatado por Utakata, que usou o chakra do Seis-Caudas para fazer os bandidos fugirem. Seguiram Hotaru, que tinha sido capturada por Shiranami Tsuchigumo e levada à aldeia, onde os moradores estavam sendo controlados por um jutsu. Enquanto Yamato, Sakura e Sai cuidavam dos aldeões, Naruto e Utakata foram resgatar Hotaru.
Quando eles chegaram, Shiranami estava usando Hotaru para reunir o chakra necessário para a utilização do Dohatsuten, e parou os dois Jinchūrikis com seu Jibakujutsu. Ambos, no entanto, usaram seu chakra Bijū para quebrar o ataque, e foram para o ataque, apenas para Shiranami, que tem o controle do kinjutsu, para usar o Dohatsuten. No entanto, a energia total do Dohatsuten não conseguiu ativar o que levou Shiranami a fugir. Naruto derrotou Shiranami com o Rasengan. Após a derrota do Time Shiranami, o clã Tsuchigumo agradeceu Time Yamato e o grupo voltou para Konoha.
Invasão de Pain
Quando ele voltou para Konoha, Naruto descobriu que Jiraiya havia morrido em sua batalha com o líder da Akatsuki, Pain. Chateado, Naruto culpa Tsunade pela sua morte. Ele passou o resto do dia de luto pela perda de seu professor, refletindo sobre o fato de que ele tinha Jiraiya queria estar lá quando ele se tornou Hokage. Depois de ser consolado por Iruka e Shikamaru, Naruto ajudou a decifrar a mensagem que Jiraiya deixou antes de morrer. Quando o código foi quebrado, Naruto decidiu ir treinar com os sapos para aprender osenjutsu, sabendo que Pain vinha capturá-lo e derrotar Pain pela morte de Jiraiya.
Para aprender senjutsu, Naruto teve que treinar a harmonização com a natureza, um processo que ele acelerou usando uma quantidade limitada de clones de sombra. Ele avançou rapidamente através das fases introdutórias e atingiu um Sennin Mōdo, perfeito como Jiraiya nunca tinha sido capaz de fazer. Como harmonizar com a natureza não pode ser feito no meio da batalha, Fukasakutentou se fundir com Naruto para que ele pudesse recolher a energia natural para utilização de Naruto. Quando a Kyūbi rejeitou todas as tentativas de fusão de Fukasaku, Naruto foi forçado a encontrar uma outra alternativa: usar clones de sombra em uma tentativa desesperada para saber como reunir energia natural enquanto se move. Durante o treinamento, chega as notícias do ataque de Pain em Konoha, e eles se prepararam para a batalha.
Naruto, Fukasaku, Gamaken, Gamahiro, Gamabunta e Gamakichi são invocados no centro de Konoha. Percebendo que Pain tinha destruído praticamente toda a aldeia, Naruto fica enfurecido e destroi oCaminho com um Rasengan antes que esse pudesse atacar Tsunade. Naruto manda Tsunade fugir, instruindo-a a fazer com que nenhum morador intervisse na batalha.
O Caminho Animal de Pain invoca um número de animais para atacar Naruto, que usou a força maior que lhe foi concedida pelo Sennin Mōdo para bater de lado com seus aliados sapos. Enquanto eles lidavam com as invocações, Naruto eliminou o Caminho Pretacom o Kawazu Kumite antes de preparar os frutos da sua formação senjutsu: um Rasen Shuriken aperfeiçoado. Ele lançou o ataque a demais órgãos de Pain, e expandiu-se quando ele se aproximava deles, desintegrando o Caminho Humano. Com pouco chakra por causa do ataque, Naruto criou uma aramadilha para levar o Caminho Animal para dentro da boca de Gamabunta, onde Naruto foi capaz de derrotá-la com seu Rasenrengan sem a interferência dos outros corpos de Pain.
Sem energia natural e, assim, saindo do Modo Eremita, Naruto teve que Fukasaku invocar um dos clones da sombra do Monte Myōboku. Como solução para a sua incapacidade de ter um fornecimento constante de energia natural, ele tinha alguns clones da sombra se reúnem para ele. Revitalizado, Naruto atacou com outro RasenShuriken, só para o Caminho Preta aparecer e absorver o ataque. Ele distraiu o Caminho Deva com uma cortina de fumaça, e jogou outro Rasenrengan no Caminho Naraka, derrotando-o.
Embora tivesse vencido quatro dos seis corpos de Pain, Naruto foi capturado por uma combinação de esforços do Deva e Caminhos Preta. O Caminho Preta absorveu seu chakra para ter certeza que ele não era mais uma ameaça, mas, sendo incapaz de lidar com a energia natural, o Caminho Preta se transformou em uma estátua de sapo, permitindo Naruto se libertar. O Caminho Deva capturou Naruto novamente, e matou Fukasaku quando ele tentou entrar para ajudar. Enquanto Naruto estava imobilizado, o Caminho Deva disse para Naruto de seus planos para a paz mundial. Quando Naruto discordou com seus pontos de vista, a morte de Jiraiya é ser um subproduto de que a paz, o Caminho Deva pediu Naruto para uma melhor solução.
Antes que ele pudesse responder, Hinata apareceu para ajudar Naruto. Ela confessou seu amor por Naruto (muito chocante para ele) e se envolveu em uma batalha contra Pain, onde seus esforços foram inúteis para salvá-lo. Quando ela estava aparentemente morta, Naruto ficou furioso, e explodiu em sua forma de seis caudas. Seu colar reagiu, em um esforço para acabar com a transformação, mas o Nove-Caudas destruiu rapidamente e atacou Pain. Incapaz de lidar com esta nova ameaça, o Caminho Deva se retirou para um local onde ele pudesse usar o Chibaku Tensei, atraindo e contendo Naruto. Dentro de seu subconsciente, Naruto pensou nos planos de Pain para a paz, e pediu para alguém para ajudá-lo com uma resposta. Através de seu sofrimento, a Nove-Caudas tentou atrair Naruto para que ele destruisse o selo onde a forma de oito caudas foi libertado, quebrando o Chibaku Tensei de Pain. Antes que Naruto pudesse liberar completamente no Nove-Caudas, porém, seu pai, Minato, apareceu no subconsciente de Naruto para que ele parasse.
Minato revelou que ele havia projetado o selo do Nove-Caudas para permitir uma impressão de si mesmo para aparecer, se alguma vez o selo estivesse prestes a quebrar, um mecanismo de proteção para ele visar proteger seu filho. Pegando nisto, Naruto percebeu que o Quarto Hokage foi seu pai, e ficou muito feliz por finalmente saber quem foi seu pai. Minato revelou que ele havia selado a Kyūbi em seu próprio filho porque ele pensou que Naruto iria um dia encontrar o uso para ele e, finalmente, parando o homem mascarado da Akatsuki. Eles também discutiram o conceito de paz, e Minato revelou que o ódio deu lugar à dor, e que ninja deve encontrar uma maneira de acabar com o ódio. Enquanto Naruto duvidou que ele pudesse fazê-lo, Minato respondeu que ele acreditava que Naruto seria capaz de encontrar a resposta, e restaurou o selo de Nove Caudas antes de desaparecer.
Lá fora, Naruto saiu da Chibaku Tensei, com a influência do Nove-Caudas e retornou ao Modo Eremita. Ele colidiu em um tempo final com o Caminho Deva, e aproveitou o intervalo de cinco segundos entre os seus ataques para finalmente derrotá-lo com seu Rasengan e vencer a batalha. Usando receptores de chakra de Pain, Naruto procurou Nagato, a mente base dos corpos de Pain, para finalmente responder à sua pergunta anterior sobre a paz. Naruto admitiu que ele odiava Nagato, mas conteve-se o tempo suficiente para perguntar como Nagato, um aluno de Jiraiya, acabou desta forma. Depois de ouvir o passado de Nagato e seus motivos para desejar a guerra, Naruto concordou sobre alguns pontos, mas rejeitou a conclusão geral sobre a alegação de que era diferente dos ideais de Jiraiya. Para quebrar o ciclo de ódio, Naruto disse à Nagato e Konan que, apesar de odiá-los, ele não iria matá-los.
Espantado com a determinação de Naruto para a sua resposta, Nagato disse que acredita em Naruto, e reviveu todas as pessoas que ele tinha matado em Konoha, à custa de sua própria vida. Com isso, Naruto ajudou Konan a resgatar os corpos de Nagato e Yahiko para o enterro emAmegakure. Após a confirmação de que ela tinha deixado a Akatsuki, Konan deu um buquê de flores de papel para Naruto, simbolizando uma nova aliança.
Ele então criou um memorial para Jiraiya e deixou as flores e Dokonjō Ninden em uma pedra com o kanji para o professor (师, shi).
Reunião dos Cinco Kage
Quando Naruto ficou exausto voltando para a aldeia, Kakashi chegou a empo de encontrá-lo e levá-lo em suas costas. Ele foi saudado por toda a aldeia e celebrado como um herói. Logo depois, ele descobriu que Tsunade havia entrado em estado de coma em conseqüência de proteger os moradores de Pain. Sakura tentou animá-lo, mas seus esforços foram interrompidos pela notícia de que Danzō Shimurasubstituiu Tsunade como Hokage e ordenou que Sasuke fosse executado como traidor da vila. Naruto e Sakura, questionando Sai sobre Danzō, esperavam saber como eles podiam mudar a idéia, mas foi incapaz. Suas perguntas ganhou a atenção de dois ninjas de Kumo, Karui e Omoi. Disseram para Naruto e Sakura sobre o trabalho de Sasuke com Akatsuki e exigiram qualquer informação que eles pudessem dar e que seri útil. Para poupar o sofrimento de Sakura, Naruto se ofereceu, mas no final não conseguiram nenhuma informação sobre Sasuke. Naruto mandou os ninjas de Kumo lançarem toda a raiva que tinham de Sasuke nele mesmo, onde Karui aceitou, mas foi parada por Sai.
Enquanto Naruto se recuperava de seus ferimentos, ele pediu para Yamato e Kakashi para levá-lo para o País do Ferro para que ele pudesse pedir para o Quarto Raikage perdoar Sasuke. Yamato e Kakashi concordaram, mas quando eles chegaram e falaram com o Raikage, o Raikage recusou seu pedido e repreendeu Naruto. Naruto foi para uma pousada para considerar o que fazer, onde ele foi logo confrontado por Tobi, que perguntou como ele pôde mudar a mente de Nagato. Naruto ignorou a pergunta e perguntou a Tobi sobre seus planos com Sasuke. Tobi lhe contou sobre oRikudō Sennin, o clã Uchiha, e a verdade sobre o massacre do clã Uchiha, que já dirigiu Sasuke por um caminho de vingança. Naruto insistiu em que ele ainda poderia chegar até Sasuke, mas Tobi riu e saiu, dizendo que Naruto e Sasuke estão fadados a lutar novamente.
Naruto começou a praticar com o Modo Eremita, na esperança de ampliar o alcance de suas habilidades sensoriais e, portanto, encontrar Sasuke. Sakura interrompeu-o, tendo chegado à País do Ferro para falar com ele. Ela disse a ele que o amava e ela já não tinha qualquer sentimento de Sasuke. Naruto, no entanto, não acredita nela, e disse que ela está mentindo para si mesma. Irritada com isso, Sakura insistiu que era verdade e que, portanto, não precisa cumprir sua promessa de trazer Sasuke para casa. Naruto disse que suas ações tinham nada a ver com a promessa e que ele só queria salvar Sasuke, optando por não revelar o que Tobi tinha dito sobre o clã Uchiha. Sakura então com os outros, disse que iam para casa.
Um dos clones de tinta de Sai se aproximou de Naruto, dizendo-lhe, o plano de Sakura e o resto dos 11 de Konoha para matar Sasuke e impedir o envolvimento de Konoha em outra guerra, e também mencionou que Sakura foi provavelmente ainda ama Sasuke e queria ser a única a impedi-lo de afundar ainda mais. Gaara também apareceu, que lhes contou sobre a Quarta Guerra Mundial Ninja e da decisão de proteger Naruto da Akatsuki. Gaara pediu que Naruto para pensar sobre todas as pessoas que estarão lutando e se ele gosta de Sasuke em seu nome e, como amigo Sasuke, para fazer o que era melhor dado suas ações. Quando Gaara saiu, Naruto considera o que todos falaram e começou a hiperventilar. Ele desmaiou e quando acordou, descobriu que Kakashi tinha saído para parar Sakura e lidar com Sasuke.
Usando um clone de sombra como um substituto, Naruto escapou de Yamato e perseguiu Kakashi usando seu Sennin Mōdo para acompanhar o chakra do último. Ele chegou a tempo de salvar Sakura de ser morta por Sasuke. Naruto fez uma última tentativa de argumentar com seu ex-amigo, solidarizar-se com sua dor e reconhecendo o sacrifício de Itachi. No entanto, Sasuke não se comoveu e deixou claro sua vontade de destruir Konoha. Chocado com a profundidade do seu ódio, Kakashi resolveu matar Sasuke, mas foi interrompido por Naruto, que chocou seu Rasengan com o Chidori de Sasuke. Ambos sobreviveram ao confronto. Até que Tobi e Zetsu chegaram para ajudar Sasuke. Antes de Sasuke sair, Naruto notou que ambos haviam se tornar ninjas de alta posição, e se eles nunca lutarem novamente, os dois iam morrer. Em resposta, Sasuke declarou que não tinha intenção de morrer, e prometeu matar Naruto primeiro. Ele saiu com Tobi e Naruto voltou para Konoha com seus companheiros de equipe, levando Karin junto.
Ao retornar à vila, Naruto explicou a situação aos seus amigos. Quando ele insistiu para lidar sozinho com Sasuke, Neji e Shikamaru disse que é tolice não terminar com Sasuke quando ele já estava enfraquecido pela sua luta contra os Kage e Danzō, mas Naruto explicou que em seu nível atual, ele não seria capaz de matar Sasuke. Quando Shikamaru repreendeu Naruto por ter tudo isso por conta própria, Naruto julgou este e dirigiu-se para o Ichiraku. Sakura percebeu Naruto estava escondendo algo, no entanto, lembrando que ele disse ao Sasuke diretamente.
Confinamento dos Jinchūriki
Quando Naruto estava prestes a comer, de repente ele foi chamado de volta ao Monte Myōbokupor Fukasaku, que lhe disse que o Grande Sapo Eremita quis dizer a ele sobre seu futuro. Ele profetizou que Naruto iria encontrar um "polvo", e seria uma batalha "jovem com olhos poderosos". Gerotora foi então convocado e deu à Naruto a "chave" para o Selo de Oito Trigramas, então ele pode liberar todo o poder da Kyūbi e também completar um jutsu sem nome. Naruto pegou a chave em seu corpo, sabendo que ele precisaria de seu poder nas batalhas que virão. Fukasaku então retornou Naruto de volta ao Ramen Ichiraku, onde alguns dos moradores pediu seu autógrafo.
Para manter Naruto a salvo da Akatsuki, os cinco Kages o enviaram junto com Yamato, Might Guy, Aoba Yamashiro e diversos ninjas de Konoha, para uma ilha remota no País do Relâmpago, sob a história que ele estava lá para estudar o ecologia da ilha. Após a chegada, Naruto encontrou Killer B e estava maravilhado com a sua mestria de seu Bijū. Naruto solicitou o treinamento dele, mas B se recusou já que ele está em "férias". No entanto, Naruto provou ser um rapper capaz e bateu os punhos com ele, mas depois ele acidentalmente insultou B, enquanto rap. Naruto então usou seu Harem no Jutsu, a fim de persuadi-lo, mas sem resultados. Depois de ouvir que Naruto e B tinham colidido os punhos, Motoi levou Naruto àCachoeira da Verdade, onde B começou seu treinamento para controlar o Hachibi. Motoi instruiu Naruto a sentar-se na plataforma em frente à cachoeira e fechar os olhos, e ele iria ver quem ele realmente era por dentro. Enquanto isso, Naruto foi recebido por uma outra versão de si mesmo, que repreendeu Naruto da rapidez com que as pessoas de Konoha mudou suas opiniões sobre ele.
Tanto ele e seu Naruto interior começaram a brigar e ficaram equilibrados no nível fisico e chakra Sennin como ambos foram capazes de produzir exatamente o mesmo número de clones das sombra. Foi revelado que a batalha inteira estava acontecendo dentro de Naruto, como Yamato observou Naruto meditando ainda perto da cachoeira. De alguma forma, Naruto foi capaz de romper com a meditação, e questionou Motoi sobre a vida de B, a fim de descobrir como B foi capaz de conquistar a escuridão dentro de si. Depois de Motoi explicar a história do B e do Hachibi, ele revelou que, quando ele e B eram jovens, Motoi uma vez tentou matar B porque o seu ódio ao Hachibi por matar seu pai. Enquanto lembrava sobre como B e Gaara mudaram opiniões dos povos sobre eles, e que Naruto não estava certo se os moradores de Konoha realmente confiavam nele, Motoi foi atacado pela lula gigante. Pensando que a lula era B, Naruto gritou para ele parar. Felizmente, foi salvo por Motoi e B e Naruto ficou feliz ao ver os dois sendo capazes de retomar a sua amizade. Depois de unir forças com B, ele disse para Naruto para voltar para a cachoeira da Verdade. Confrontando o Naruto Interior, Naruto disse que ele deve ter fé em si mesmo, que começou a enfraquecer o primeiro e forçando-o a perguntar qual era o motivo de sua existência então. Naruto disse que ele era realmente ele e agradeceu a ele por empurrá-lo para ser a pessoa que ele é agora. Em seguida, ele abraçou o Naruto Interior quando ele tentou atacá-lo, que chorou e desapareceu. Após acordar e celebrar, B conduziu tanto Naruto como Yamato para uma sala especial dentro do templo secreto por trás cachoeira da Verdade, onde Naruto iria lutar contra a Kyūbi.
Dentro de seu subconsciente, depois de Naruto usar a chave para desbloquear o selo, a Kyūbi abriu as portas da gaiola e disparou umaBijūdama em Naruto, mas B usou o pedaço restante do poder do Hachibi para conter o ataque. Enquanto no Sennin Mōdo, Naruto usou três de seus clones executando o Senpō: Chō Ōdama Rasengan sobre a Kyūbi como uma distração para ele vir de trás, jogá-lo contra o chão, e teve seus dois clones outros atacando-o de cima com o Fūton: Rasengan, causando grande dano e dando a chance de Naruto para drenar o seu chakra. No entanto, a Kyūbi plantou seu ódio dentro do seu chakra drenado, e de repente ela começou a consumir Naruto, fazendo-o perder o controle e forçá-lo fora do Sennin Mōdo. Pouco antes de Naruto ser completamente sucumbido, sua mãe, Kushina Uzumaki, apareceu. No início, Naruto acreditava que Kushina era a Kyūbi disfarçada, deixando ela com raiva e espancando Naruto na cabeça. Kushina, em seguida, pediu desculpas por seu temperamento curto, dizendo para Naruto que ela esperava que não era um traço que ele herdou dela. Percebendo isto ele descobriu que Kushina era sua mãe, e Naruto começou a chorar e abraçou-a. Com sua alegria, a influência de difundir a Kyūbi parou, para grande surpresa de Yamato e B. Naruto e Kushina conversaram, com Naruto perguntando como Kushina e Minato se conheceram. Kushina timidamente disse-lhe sua história e, depois, Naruto elogiou seu cabelo, e disse-lhe que o amava, para grande surpresa de Naruto, em seguida, deixando-o muito feliz.
Depois disso, as emoções positivas de Naruto esgotaram o ódio da Kyūbi dentro do seu chakra drenado, e ele fez um grande número de clones de sombra, formando múltiplos Rasengans como eles segurando a Kyūbi. Após a Kyūbi quebrar a maioria das correntes de chakra de Kushina que tinha sido para contê-lo, Kushina imediatamente utilizou o último elo que foi anexado na perna da Kyūbi para torná-lo viagem, dando aos clones de Naruto tempo suficiente para entrar no Sennin Mōdo e bombardeiam com o Senpō: Chō Ōdama Rasen Tarengan. Como a Kyūbi foi empurrada para trás com o impacto, um dos clones de Naruto imediatamente usou o Rasen Shuriken para enfraquecer a Kyūbi mais e completamente separá-lo de seu chakra. Quando o chakra fundiu-se com Naruto, enfurecida a Kyūbi tentou atacá-lo com o Bijūdama muitas vezes maior do que seu tamanho próprio, mas seu ataque finalmente foi dissipado, como Naruto utilizou um selo novo, mais forte para aprisionar a Kyūbi, mais uma vez. Depois disso, quando Naruto descobriu com Kushina sobre a sua herança, a verdade por trás do ataque da Kyūbi em Konoha, e como seus pais deram suas vidas para protegê-lo, Naruto disse à Kushina que ele finalmente sabia que o sentimento de ser amado por um pai e mãe e que ele estava feliz por ser seu filho. Antes que ela fosse totalmente esquecida, chorando Kushina abraçou Naruto, e agradecê-lo por deixar ela e Minato serem seus pais.
Fora de seu subconsciente, quando Naruto estava mostrando B e Yamato sua nova forma, Naruto rapidamente sentiu Kisameescondido dentro de sua Samehada, detectando suas emoções negativas, o que surpreendeu Kisame. Kisame quando tentou escapar, Naruto usou sua estonteante velocidade e Kisame rapidamente chocou-se contra a parede com um soco poderoso de Naruto. No entanto, Kisame foi capaz de retirar o pé de Naruto, que ficou preso na parede, deixando Yamato para trás para ajudar a libertá-lo, enquanto B perseguiu Kisame. Naruto e Yamato, em seguida, encontraram-se com os outros enquanto eles observavam a batalha de Might Guy e Kisame à distância. Após a batalha, Kisame foi contido ninjas de Konoha e Kumo e tentou interrogá-lo, no entanto Kisame foi capaz de se suicidar e comprometeu de modo que não conseguia mais alguma informação dele. Chocado com essa ação, Naruto percebeu que até mesmo o shinobi da Akatsuki lutou por seus colegas. Quando Guy, em seguida, abriu as informações do pergaminho de Kisame tinha tentado enviar para Akatsuki, é acionado para prendê-los nas prisões de água com tubarões convocados para manter o shinobi ocupado enquanto o último tubarão tomou o pergaminho, e nadou no oceano para levar para Akatsuki.
Guerra Mundial Ninja
Mais tarde, depois de Motoi enviar sua coruja invocada para informar a Aliança Shinobi sobre a situação, Naruto e Killer B começaram a evacuar os animais gigantes na Ilha da Tartaruga para sua segurança no caso de um ataque próximo. Naruto estava achando que estudar a ecologia da Ilha da Tartaruga fazia parte de sua missão "oficial" rank-S, ainda não sabendo do verdadeiro propósito de estar lá. Devido a batalha fora da ilha, Naruto suspeitou do que estava acontecendo, mas Yamato conseguiu convencer Naruto que era a sua missão permanecer na ilha, enquanto Yamato saiu para investigar.
Depois que ele saiu, Naruto, sem saber que Yamato tinha sido capturado por Kabuto Yakushi, afirmou que ele queria voltar para Konoha para que ele pudesse esperar e lutar contra Sasuke. No entanto, Killer B, a fim de manter Naruto na ilha, leva-o de volta para o templo dentro da cachoeira da Verdade para treiná-lo como lidar com o seu Modo Controlado da Kyūbi corretamente. Como ele não podia se transformar em completamente a Kyūbi, a fim de realizar aBijūdama, ou usar a técnica Kage Bunshin enquanto no Modo Controlado da Kyūbi, Naruto questionou sobre como ele poderia usar o Rasengan, a que respondeu B usando os Braços de Chakra da Kyūbi. Como Naruto tentou criar o Rasengan, B percebeu que o Rasengan era bastante semelhante ao Bijūdama e afirmou que Naruto poderia aprender a técnica depois de tudo.
Enquanto Naruto continuou treinando sob a supervisão do B, Naruto, de repente sentiu o chakra da Kyūbi dentro de Kinkaku com seis caudas, mesmo muito longe do templo em que Naruto está. Querendo investigar, Naruto foi capaz de enganar B para deixá-lo sair, mas foi parado por Shibi Aburame, juntamente com um grupo de ninjas de Konoha, que confirmou suas suspeitas anteriores de que algo estava errado. Iruka Umino, que passou a estar com eles, tentou enganar Naruto para acreditar que ele tinha uma segunda missão na ilha, mas Naruto decidiu sair de qualquer maneira e utilizou o Sennin Mōdo para passar pelos guardas, no processo de perda de seu protetor de testa. Com Naruto estando fora da câmara de isolamento de chakra e, finalmente, sentiu a guerra acontecendo em torno dele, e Iruka finalmente revelou à Naruto que ele tinha que ser mantido longe do campo de batalha, a fim de protegê-lo dos inimigos. No entanto, lembrando o que Nagato disse sobre a guerra, Naruto se recusou a permanecer no templo, e declarou que iria acabar com a guerra sozinho. Quando Iruka voltou a dar à Naruto seu protetor testa que caiu, ele imediatamente prendeu Naruto dentro de uma barreira, mas Naruto no Modo Controlado da Kyūbi facilmente, soltou-se da barreira e do Ninpō: Kage Mane no Jutsu de um membro do Clã Nara e evitou os kikaichūs que Shibi enviaram atrás dele. No seu caminho para a batalha, ele encontrou uma carta de Iruka em seu protetor na testa, em que Iruka disse-lhe que, no caso ele não conseguia parar de Naruto de fugir, ele perguntou se Naruto vai voltar vivo. Naruto então começou a comer a carta depois de lê-la.
Naruto e B, que tinha sido convidado por Iruka para vigiar Naruto e, finalmente, encontrou-se com ele, ambos romperam uma barreira que cercava a Ilha da Tartaruga antes que o Time de Barreira tivesse tempo suficiente para regenerá-lo. Depois disso, enquanto eles continuaram seu caminho para o campo de batalha, a Kyūbi puxou Naruto para seu subconsciente, repreendendo-o por usar de seu chakra tão descuidado. Chamando Naruto de dingênuo para pensar que ele pudesse parar a guerra por si mesmo, a Kyūbi tentou persuadi-lo novamente com o poder, mas sem sucesso, ganhou algum reconhecimento de Naruto. Após a Kyūbi lembrou Naruto sobre o dia que ele conheceu Sasuke e como ele foi consumido pelo ódio, mesmo assim, ele provocava Naruto sobre sua incapacidade de apagar o ódio dos outros e do mundo. Em retaliação, Naruto derrotou a Kyūbi com força. Enquanto olha para o animal preso diretamente nos olhos, Naruto exclamou para a Kyūbi com grande confiança de que ele planejava fazer algo sobre ambos Sasuke e da guerra. A Kyūbi, em seguida, cumprimentou Naruto condescendente para finalmente aprender a se levantar por si mesmo. Naruto, enervante a Kyūbi com seu sorriso, disse que talvez um dia ele iria fazer algo sobre seu ódio também. A Kyūbi o repreendeu por acreditar que, mas Naruto, determinado como sempre, prometeu a Kyūbi que valeria a pena um tiro, foi quando ele saiu, deixando a grande besta sem palavras.
Algum tempo depois, A e Tsunade chegaram para impedir a passagem dos dois. Naruto tentou argumentar sobre o seu caminho, mas A não ouviu sobre isso. Então, Naruto experimentou usar sua velocidade para ignorá-los, mas A usando a sua Raiton no Yoroi, combinando sua velocidade e sua força. Naruto então experimentou falar com Tsunade sobre permitir a sua passagem, mas Tsunade afirmou que ela tinha que seguir o seu papel como líder das Forças Aliadas. Compreendendo a posição de Tsunade, Naruto fez outra tentativa para eles deixarem a sua passagem, mas apenas foi interceptado por A outra vez. A então declarou para Naruto que, se ele continuasse insistindo, ele teria que matar ele; acreditando que ele iria ganhar tempo para as Forças Aliadas. A tentou dar um soco em Naruto, mas foi bloqueado por Killer Bee. Então Tsunade se lembrou das palavras de Naruto que, não ia morrer até se tornar Hokage, então tomou sua própria decisão de deixar Naruto passar. Mais tarde, quando Bee derrotou A com o Lariat, ele explicou que, a força deles não iam para eles não eram só de seus Bijūs, mais também por causa que tinham pessoas especiais para eles. Então A totalmente ligado com sua Armadura, atacou Naruto com seu melhor soco, mas Naruto conseguiu desviar. Então A disse que, para que ele permitisse a passagem de Naruto, ele teria que, fazer o seu prórpio teste. Então ele permite a passagem dos dois.
No caminho, Naruto e B foram surpreendidos por Shikaku Nara, com a ajuda de Inoichi Yamanaka por telepatia. Shikaku disse à eles que, Naruto foi o único capaz de sentir o Exército dos Zetsus Brancos. Depois de reconhecer que Tobi era o verdadeiro inimigo e que os Zetsus eram apenas seus subordinados, Naruto resolveu lutar com todo o seu poder. Depois, no caminho eles foram bloqueados pelos Zetsus Brancos,disfarçados como shinobis da Força Aliada. Então, rapidamente Naruto confirmou o inimigo e, ele junto de Bee, e derrotou eles com as novas técnicas de Naruto. Então ele invoca Gamahiro, para atacar o exército de Zetsu Branco, depois ele manda clones para todo canto dos campo de batalha. Naruto e Bee então chegam à um ninja de Kumo e de Suna, e ele salvam os dois do ataque de Toroi com o Rasengan.
Então eles vão andando até encontrarem Nagato e Itachi Uchiha. Depois ele teve uma conversa rápida com Nagato e, Itachi, a batalha começa. com Itachi atacando Naruto com o Katon: Gōkakyū no Jutsu, mas B o defendeu com a Samehada. Enquanto Naruto luta com Itachi, ele diz pra Itachi sobre o atual estado de Sasuke, mas assegurou-lhe que tinha um plano para mudar ele de lado. Depois Nagato invoca o cão e o pássaro, e, lembrou a Naruto que ele tinha que atacá-lo diretamente. Como Itachi desviou para o pássaro de Nagato, ele ativa o Mangekyō Sharingan, quando Naruto olha para Itachi, o corvo que Itachi colocou na boca de Naruto, sai e olha para Itachi, fazendo ele parar. Itachi usa o Amaterasu no cão invocado de Nagato, e em seguida, usa o Amaterasu em Nagato e, em seu pássaro. Itachi explica que o corvo usouKotoamatsukami, liberando-o do controle de Kabuto. Nagato, tendo sua personalidade completamente removida por Kabuto, usou sua habilidade do Caminho Asura para conter tanto Naruto e B, respectivamente, mas antes que Nagato possa remover a alma de Naruto, Naruto e B são posteriormente resgatados por Itachi com seu Susanoo. Após Nagato usar o Chibaku Tenseicomo uma tentativa de prendê-los, Naruto usou sua Rasenshuriken, juntamente com Yasaka Magatama de Itachi e o Bijūdama de B, para atacar o centro da técnica de Nagato, efetivamente destruindo-o. Depois de Itachi selar Nagato com sua espada Totsuka, ele disse a Naruto que ele iria parar o Edo Tensei de Kabuto enquanto Naruto se concentraria na luta contra Tobi. Naruto insistiu para Itachi ver Sasuke de novo, mas ele recusou, dizendo que ele deveria deixar o seu irmão para seus amigos. Depois Itachi foi para esquerda, Naruto e B continuaram caminhando para um destino desconhecido.
Um dos clones das sombras de Naruto chega no local da Quarta Divisão para lugar contra os reincarnados Mū e o Terceiro Raikage. Embora o clone de Naruto conseguiu derrotar Mū, nenhum dos ataques de Naruto tiveram efeitos contra o Terceiro Raikage, comoDodai o avisa que, para derrotar o Raikage tinha que ter uma técnica de vento muito poderosa. Naruto tenta duas vezes acertar o Raikage com o Rasenshuriken, mas nas duas vezes, o Raikage desvia. Mas, na terceira tentativa, Naruto acerta o Raikage com o Rasenshuriken de média-distância. Mas, isso não tem efeito nenhum no Raikage, Dodai explica que o Raikage podia resistir a qualquer técnica, graças à sua força e o controle do Edo Tensei. Então Naruto percebe a cicatriz no peito do Raikage, e pergunta o que fez aquela cicatriz, Dodai explica que foi oHachibi, então Naruto percebe que, para deter o Raikage, ele tinha que usar o Bijūdama, então ele começa a preparar, mas falha, fazendo com que seu manto da raposa sumisse. Então Kabuto faz com que o Raikage usasse o seu Jigokuzuki: Yonhon Nukite, mas em vez de usar quatro-dedos, o Raikage se dirigiu com a mão fechada, para dar um soco em Naruto, mas Dodai aparece e para o Raikage com o Yōton: Gomudama, que formou uma bola de borracha que, protegeu Naruto, então o Raikage ataca a bola que voa, então Raikage sai e vai atacar a bola, onde ele pensa que está Naruto, que na verdade tinha sido puxado por Dodai. Naruto diz para Dodai que precisava falar com B e Hachibi, então Dodai se conecta com Inoichi Yamanaka que logo os conecta com B e Hachibi. Naruto pergunta ao Hachibi como ele fez a cicatriz no Raikage, Hachibi diz que eles só acabaram de lutar com suas técnicas na mão, então Naruto têm uma idéia, e agradece ao Hachibi. Naruto entra no Modo Sennin para testar sua teoria. Naruto então faz o Rasengan, e vai na direção do Raikage, e o Raikage usa o seu Jigokuzuki: Yonhon Nukite, e vai na direção de Naruto. Com sua habilidade de detecção, Naruto desvia do ataque do Raikage, e acerta o cotovelo do Raikage, fazendo com que ele perfurasse o seu próprio peito, justo no lugar onde estava a cicatriz. Depois, o Time de Selamento sela o Terceiro Raikage. Naruto então vai para onde Gaaraestava lutando contra o Segundo Mizukage, chegando no lugar para ver o selamento acontecendo.
No anime, um dos clones de Naruto sente uma imensa fonte de ódio. Então, percebendo que ele não poderia mais sentir a presença de Shikamaru, Neji, Chōji e Kiba, o clone de Naruto rapidamente corre para auxíliá-los. Ao longo do caminho, eliminando os clones disfarçado do Zetsu Branco, o clone de Naruto encontra um membro da equipe de comunicação, e entra em contato com o QG para obter ajuda. Ele fica sabendo com Inoichi Yamanaka que seus amigos desaparecidos foram afetados por uma técnica estranha. Encerrando a malícia do Quarteto do Som reencarnado, Naruto foi capaz de encontrar e destruir a barreira, deixando Inoichi dissipar a técnica e salvar Shikamaru e os outros. Ele corre para enfrentar o Quarteto do Som, como suas almas não estão mais vinculadas ao mundo, Naruto rapidamente as destrói também.
Enquanto isso, outro clone de Naruto encontra Karui e sua divisão sendo atacada pelo ex-samurai reencarnado chamado Tatewaki. Como a divisão é rapidamente esmagada pela espada de Tatewaki, Naruto fica chocado ao encontrar o homem novamente após três anos. Se lembrando de Naruto, ele pergunta o que aconteceu com asduas crianças, que ele era responsável. Depois que Naruto garantiu-lhe que as crianças haviam sido levadas com segurança ao seu destino, o samurai aliviado foi capaz de deixar suas dores do passado, quebrando o contrato de invocação e voltando para a vida após a morte.
Mais tarde, Naruto nota três padrões climáticos incomuns umas próximas das outras, uma forte chuva, uma nevasca, e uma tempestade de raios.[50] Enquanto procurava a fonte, ele encontraYota reencarnado, que começa a atacá-lo com fortes explosões de ventos.[51]
Enquanto clones de Naruto chegam nos locais de outras divisões para ajudar na luta contra os Brancos Zetsu, o clone de Naruto que, estava com Gaara, assim como os outros são alertados por um sensor que, um poderosissímo chakra estava sobre a montanha à frente deles. Então todos vêem a chegada de Mū, Naruto pergunta se Gaara não tinha selado ele, e Ōnoki diz pra eles, que ele se dividiu. Todos ficam mais surpreendidos, quando Ōnoki diz que, a pessoa que chegou do lado de Mū era Uchiha Madara. Gaara surpreso, diz à eles que para uma pessoa ser invocada pelo Edo Tensei, ela tem que estar morta, então todos se perguntam quem é o homem por trás da máscara. Madara então começa a atacar, então Naruto faz seus clones para se preparar para entrar no Modo Sennin. Um clone tenta atacar Madara com Chōōdama Rasengan, mas é bloqueado pelo Susanoo. Naruto então finaliza e entra em seu Modo Sennin e forma um Rasenshuriken. Após Gaara puxar Madara do Susanoo com sua areia mais leve, Naruto arremesa o Rasenshuriken em Madara, mas é impedido quando Madara revela o seu Rinnegan. Madara então recua para cima de uma montanha, e um asteroide aparece no céu, o que choca Naruto.
Quando o primeiro meteoro é parado por Ōnoki e Gaara, um segundo aparece e colide com Ōnoki, e acaba destruindo grande parte daQuarta Divisão. Dodai protege o clone de Naruto, que pergunta por que ele protegeu, se ele era um clone, Dodai responde que, mesmo um clone, ele era um dos mais fortes dali. Naruto fica preoucupado com as feridas de Ōnoki, e é acalmado por um ninja, que diz queŌnoki estava bem, só gravemente ferido. Quando Madara tenta invocar a Kyūbi, Naruto sente seu estômago queimando, e a Kyūbi estava em seu chakra, o chamando. Como a Kyūbi queria emprestar seu chakra pra Naruto, ele pensa que ela queria tomar o seu corpo, mas a Kyūbi diz que não, afirmando que, ela prefiria ajudar Naruto que, ser controlada novamente por Madara. Usando então o chakra, Naruto foi capaz de criar mais clones e, destruir o Mokuton Hijutsu: Jukai Kōtan de Madara com vários Ōdama Rasengan. Depois do ataque, o clone ficou severamente enfraquecido, percebendo que ele podia sumir à qualquer hora, Ōnoki fica determinado, e diz que era hora de ele se levantar. QuandoMadara e Mū vão atacar, Tsunade e A aparecem der repente no campo de batalha e ataca os dois. Quando Tsunade libera seu selo de chakra, Naruto fica preocupado com ela. E, depois, Naruto é surpreendido pela chegada repentina de Mei. Naruto implora à Tsunade curá-lo, mas ela rejeita, e então Ōnoki então diz que a guerra agora, não é para proteger apenas Naruto, mas para proteger todos. Ōnoki começa a falar por que ele entrou na aliança, e por que está lutando agora, e fala um pouco sobre o ódio no mundo ninja. Tsunade diz à Naruto que os Kages vão derrotar o verdadeiro Madara, enquanto Naruto teria que derrotar o Madara farsante. E, antes de desaparecer, o clone de Naruto recebe a palavra "vencer" de todos os Kages. E, então, o Naruto real recebe as informações do clone desaparecido. Naruto então vê Tobi se aproximando e, dá uma cabeçada nele, o que faz Tobi voar para trás.
Por causa do impacto, Naruto acaba voando, mas é pego por B, que o diz para se acalmar. Naruto comenta sobre a dureza da máscara de Tobi. Então os jinchūrikkis começam à batalha, primeiramente, Rōshiataca os dois com o Yōton: Shakugaryūgan no Jutsu, que logo desviam. E, depois eles são atacados por clones, criados pelo Suiton: Mizukagami no Jutsu de Yagura, que fazem os dois voarem longe em um campo de bolhas de Utakata, quando uma das bolhas estoura em Naruto, ele grita de dor, e depois, quando todas as bolhas explodem, causando uma grande explosão, B consegue salvar Naruto. Logo depois, os dois são surpreendidos novamente pela técnica de Fū. E, depois, os dois são atacados por Yugito Nii e Han, que conseguem atacar B e Naruto. Então Naruto declara para Tobi, que o seu rinnegan e sharingan faziam uma combinação igual do outro Madara, e que eles venceriam os dois, o que fez B ficar confuso. Então, Tobi diz que, nesse momento, podiam chamar ele de Tobi, Madara, o que quisessem, mas o único objetivo dele era completar o Plano: Olho da Lua, para corrigir um mundo sem valor, e diz que Naruto e B sabem como é esse mundo, pois foram hospedeiros de feras. Então Naruto o responde dizendo que, ter um Bijū dentro de si, não era tão rim assim. Então Naruto diz para Tobi que ele podia se chamar de ninguém, e chamar o mundo de desprezível, ninguém ia acreditar no seu papinho, e podia usar quantas máscar quisesse, quantos nomes podia usar, mas ele continuaria sendo apenas uma pessoa, e diz que vai arrancar a máscara da cara de Tobi. Então os jinchūrikkis liberam parte de seus bijūs.
Quando B enfrenta Fū, e não consegue atingir ela com as suas espadas, Naruto avisa à ele que não daria certo e, que o campo de visão dos Seis Caminhos de Pain eram compartilhados por causa doRinnegan. Enquanto explicava isso à B, ele é atacado por Rōshi, mas desvia, mas mesmo assim tem seu rosto queimado por causa do calor feito pela Armadura de Lava que Rōshi utilizou no ataque. Depois de se esconderem atrás de um arbusto, ele, B, e o Hachibi começam a formular um plano para conseguirem se livrar dos jinchūrikis. Depois de explicar sobre os receptores de chakra para os dois, Naruto é surpreendido por B, que disse que tinha visto barras negras injetadas nos seios de Yugito Nii, então, Naruto chega à conclusão que os receptores de chakra estejam no mesmo lugar nos outros jinchūrikis. Então, quando Rōshi o ataca novamente, ele percebe que, tem que ser pego pelo ataque, para depois atacar, e isso acontece, ele é pego no ataque, e tenta quebrar o receptor no peito de Rōshi com um Rasengan. Mas, esse ataque é interrompido por um forte chute de Han, que faz Naruto voar longe, e ser pego por B, que logo depois libera o Hachibi.
Naruto se segura em B, quando ele se transforma no Hachibi e devasta grande parte da floresta. Quando B libera uma técnica, Naruto vê os jinchūriki quase sendo selados. Quando ele pensa que os jinchūrikis foram selados, ele é avisado pelo Hachibi que, na verdade, eles entraram em sua Versão 2. Quando o Gobi ataca Hachibi, fazendo ele voar, Tobi aproveita a situação para tentar capturar Naruto, entrando em contato com ele, aparentemente tampando os seus olhos. No entanto, Kakashi e Guy aparecem no campo de batalha, e salvam Naruto.
Quando Guy quebra o coral que estava em suas costas, ele ajuda Guy e Kakashi à combater os Seis Caminhos de Pain de Tobi, formando um Rasengan em cada mão. Yagura e Rōshi atacam ele, mas ele consegue lidar com eles com os seus braços de chakra. Então, Tobi responde fazendo Rōshi e Utakata se transformarem completamente, o que faz Naruto voar longe, saindo de seu modo Kyūbi, caindo sobre o Hachibi. Quando Kakashi e Guy são atacados, oYonbi pega o Hachibi e roda ele, fazendo Naruto voar longe, indo em direção a boca do Yonbi, que estava pronto para devorá-lo. No entanto, Naruto se salva quando novamente entra no modo Kyūbi, parando assim os dentes do Yonbi. Enquanto luta para se libertar, ele acaba sendo engolido pelo gigante macaco.
Então, Naruto acaba indo para o lugar onde o animal estava selado, e acaba se encontrando com o Yonbi, que estava todo preso por correntes. Ele nega ter ido lá para roubar o poder do animal, e então, Naruto toma um esporro do macaco, que diz que quer ser chamado de seu próprio nome, Son Gokū. Son Gokū revela o nome verdadeiro da Kyūbi, Kurama. E, depois de Naruto revelar o seu ciúme por B e Hachibi e, seu desejo de ser amigo de Kurama, Son Gokū acha engraçado e começa a rir. Naruto diz a besta que ele entende seus sentimentos por causa da maneira como ele foi maltratado em sua juventude, ele odiava vê-los o tratando dessa forma por alguém que não sabia quem eles eram, Son Gokū primeiro não acredita, mas depois percebe que é verdade. Então Son Gokū lembra Naruto que, ele foi engolido, e diz que, ele pode ajudar Naruto, se ele tirar as correntes dele, então Naruto aceita.
Son Gokū diz à Naruto que, ele não seria um aliado de Naruto, à menos que, ele tivesse sua confiança, Naruto aceita com um sorriso. Enquanto isso, dentro da boca de Son Gokū, Naruto acorda e, tenta abrir a boca de Son Gokū, mas não consegue, então, ele têm a idéia de utilizar o Tajū Kage Bunshin no Jutsu fazendo o Son Gokū vomitá-lo. Então, Naruto fica olhando para Son Gokū, lembrando de que ele disse que para libertá-lo, tinha que tirar o receptor de chakra de seu pescoço, que se moveu por ele ter aumentado o que, faria a corrente se quebrar. Naruto então acha o receptor e, sobe em Son Gokū com o Modo Kyūbiativado, parando assim a mão de Son Gokū, então, ele vai até o local do receptor de chakra e, tenta tirá-lo, no entanto, ele é preso pela corrente de chakra. Dentro da boca de Son Gokū, o clone de Naruto que estava lá dentro entra no Modo Sennin e, por dentro acha o receptor, e para tirá-lo, ele usa o Kawazu Tataki.
Após remover o receptor de chakra, ele percebe com surpresa que a corrente que prendia Son ainda estava lá. Son explica que a Gedō Mazō ainda tinha seu chakra e que Naruto tinha apenas libertado ele do controle de Tobi. Percebendo que Naruto tinha a intenção de salvá-lo completamente, ele lhe dá um presente antes de ser selado de volta na estátua. Exausto e quase sem chakra, Kurama oferece a Naruto seu poder. Após uma breve conversa, Kurama então oferece fundir seu chakra com o de Naruto. Notando que a raposa não era mais o monstro que atacou Konoha, e sim uma aliada da vila e parceira, Naruto destrava os portões que a seguravam, soltando a besta assim que ele se preparou para enfrentar os cinco jinchūriki restantes, totalmente transformados.
Com os portões abertos, Naruto ganha uma nova forma que até reflete a imagem de Kurama. Sem tempo a perder já que as bestas se preparam para atacar Guy e Kakashi com suas Bijūdama, Naruto intervem e desvia os ataques numa enorme velocidade. Naruto se transforma na Kurama assim que as bestas se preparam para um novo ataque, aparentemente "absorvendo" Guy e Kakashi no chakra da besta para mantê-los em segurança. Ao criar um clone e ser informado por Kurama de que ele tinha provavelmente cinco minutos nessa forma por ser sua primeira transformação, Naruto se agarra aoNanabi, pretendendo usá-lo para esmagar o Sanbi, mas a tartaruga gigante desvia rolando. Antes que ele ataque de novo, o Rokubiengole sua mão, deixando imóvel para ser atacado pelo Sanbi, que é parado pelo Hachibi. Assim que o Nibi corre em direção a ele, Naruto rebate a besta com o Rokubi e solta sua mão da boca dele. Naruto então vê que as demais bestas estão preparando uma Bijūdama colaborativa e, junto com Kurama, prepara uma própria, pretendendo cancelar a força do ataque.
Naruto mandou o seu próprio ataque, que colidiu com a Bijūdama dos Bijū que voam longe pela enorme explosão. Então, antes da poeira abaixar, Naruto utiliza as caudas de Kurama transformadas em mãos de chakra para segurar os Bijū. Ele então usou o Modo Kyūbi para retirar as estacas, enquanto silenciosamente prometeu liberar todas as feras. De repente, Naruto descobriu que seu subconsciente foi puxado para dentro de um espaço onde os Bijū e seus jinchūriki podiam conversar com ele. Quando Yagura o agradeceu, Naruto acabou chorando, pensando que o Mizukage morreu jovem, sem nunca comer ramen ou beijar uma menina por causa de sua altura. Então Kurama lembra que Naruto também nunca beijou uma garota, mas ele já beijou Sasuke, e então Naruto começou a vomitar, ignorando completamente o que Yagura disse sobre Son. Fū explica à Naruto que Son insistiu para que eles conversassem com Naruto. Em seguida, todos os Bijūs e seus jinchūriki se apresentam à Naruto com seus nomes e, ofereceram à Naruto parte de seus poderes. Então, na realidade, Naruto consegue retirar todos os receptores de chakra, e então Tobi foi obrigado a selar todos os animais novamente. Quando Tobi diz que, Naruto tinha conseguido controlar a Kyūbi, e que isso não mudaria nada, Naruto discorda, afirmando que ele tinha acabado de aprender um montão de nomes dificeís e, depois, zomba de Tobi, por ele não saber nenhum deles. Notando a luz que envolveu os cadáveres, que começaram a se desconstruírem, ele agradece silenciosamente à Itachi e, continua lutando contra Tobi e o Gedō Mazō.
Renascimento do Jūbi
Após Naruto zombar de Tobi, falando pra este tirar sua máscara, Tobi invoca o Kohaku no Jōhei e o Benihisago, jogando-as na boca da estátua, mas não antes de Naruto perceber que os recipientes possuíam uma pequena porção do chakra de Kurama. Tobi anuncia que o Jūbi agora será revivido, confundindo a todos. No entanto B explica que, a fim de escapar da Akatsuki, ele sacrificou uma das suas caudas, e Kurama, depois de pedir para trocar com Naruto, explica sobre os tesouros, e os Irmãos Ouro e Prata. Naruto pergunta para Kurama se o Jūbi é realmente tão poderoso, Kurama explica que ele praticamente criou o mundo. Kurama disse que eles poderiam ter uma chance contra o Jūbi parcialmente revivido, mas não contra ele totalmente revivido, embora Tobi, então, revela que uma parte revivida do Jūbi é tudo que ele precisa para ativar o Tsukuyomi Infinito, para o Plano: Olho da Lua se concretizar. Tobi passa a afirmar que ele vai criar um mundo sem heróis, esperanças ou futuro, para o qual Naruto responde, após a mudança de volta com Kurama, que ele não vai permitir e que seu sonho é se tornar um Hokage maior do que qualquer outro. Com isso, Naruto entra no Kyūbi Chakura Mōdo para atacar a estátua com um Rasengan, mas é bloqueado pelo Gunbai de Tobi. Percebendo que não pode ir tão facilmente, Naruto resolve quebrar a máscara de Tobi primeiro, para o qual Tobi responde que ele não permitirá que eles toquem no Gedō Mazō.
Formulando uma estratégia, Naruto produz um clone das sombras, o shinobi concorda que o uso de ataques de distração é crucial nessa batalha por causa das habilidades de Tobi. Passando diretamente por Tobi, Naruto usa o Chō Mini Bijūdama para atacar Tobi. No entanto, tornando-se intangível, Naruto passa através dele. Guy então salta com sua Sōshūga para se juntar a batalha. Usando seu nunchaku para combater a Gunbai de Tobi, Guy é capaz de enviar Tobi em direção à Naruto e seu Chō Mini Bijūdama. Como o ataque de Naruto está prestes a fazer contato, Tobi se teletransporta, então Naruto teve a idéia de senti-lo para antecipar o movimento de Tobi, que emergiu do chão em um ataque surpresa. Evitando o ataque, Naruto bloqueia a Gunbai de Tobi. Kakashi então aparece para se juntar na luta, infundindo uma kunai com o seu Raiton.
Como Kakashi lança a kunai, Tobi se torna intangível mais uma vez e chuta a kunai em direção à Naruto. Kakashi diz à Naruto para ignorá-la, então ele usa o Kamui para deformar a kunai. Como Naruto faz a sua última tentativa de conseguir acertar um golpe em Tobi, ele se torna intangível. Reagrupando-se com Guy e Kakashi, Naruto pergunta como eles irão derrotá-lo, já que nenhum ataque surtiu efeito. Neste momento uma pequena rachadura aparece na máscara de Tobi. Ao perceber a rachadura Guy acredita que o ataque de Naruto causou o dano, mas Kakashi discorda, notando que a rachadura não era consistente com um soco. Naruto concorda em confirmar a hipótese de Kakashi e, subindo a bordo da mão deGyūki junto com Kakashi e Guy, ele é lançado pelo campo de batalha em direção à Tobi. Guy inicia o ataque quebrando as rochas diante dele e Tobi, forçando ele a ficar intangível, mas Guy continua seu ataque, mesmo quando o homem mascarado ainda continua intangível forçando-o a absorver o seu nunchaku. Isso permite que Naruto consiga atacar Tobi com um Rasengan durante este período vulnerável, ferindo seu braço esquerdo. Naruto depois ouviu, com surpresa, Kakashi explicar os mecanismos por trás da técnica de Tobi. Ainda confuso sobre o porquê da kunai e do seu Rasengan terem sido capazes de atingir Tobi, Kakashi explica o motivo para Naruto. Quando Tobi zomba de Kakashi, Naruto intervem afirmando que ele não iria desistir de seus sonhos, não importa o que acontecesse. Quando Tobi começa a zombar de Naruto também, o jovem troca de lugar com Kurama, que diz a Tobi no lugar de Naruto que ele não iria perder, não importa o que acontecesse. Com isso eles entram no Modo Bijū e partem em direção a Tobi.
Depois que Tobi escapou do ataque de Naruto e repreendeu-o por atacar sozinho, Naruto refutou que ele não estava sozinho, já que ele tinha seus amigos e professores com ele, fazendo com que Kakashi volta-se a si e continuasse a atacar com seu grupo. Usando umclone, Naruto pede para B cobri-lo, enquanto ele manda seu clone atacar Tobi com um Rasengan, o Naruto real ataca com umaBijūdama. Tobi pensa que ele destruiu o clone antes que o Kamui de Kakashi pudesse deformar o Rasengan e depois atravessa a Bijūdama. Uma vez que Tobi surge na outra dimensão no entanto, ele descobre que Kakashi tinha enviado o clone de Naruto para lá e antes que pudesse reagir, Naruto o atinge no rosto com um Rasengan, quebrando sua máscara.
Ele é visto mais tarde expressando alarme de que a identidade de Tobi parece ser um ex-companheiro de Kakashi e Guy. Após a sua pergunta sobre quem estava de pé, desmascarado diante deles é atendida, Naruto tenta motivar seu sensei, dizendo-lhe que, por enquanto, eles tinham que se concentrar em parar seus planos. Quando Tobi ataca Guy e Kakashi, Naruto manifesta caudas deKurama e as usa como bloqueio - dissipando as chamas, antes deMadara Uchiha fazer uma aparição no campo de batalha. Com a aparição de Madara, Naruto exige saber o que aconteceu com os cinco Kage, enquanto os dois Uchiha casualmente discutiam sobre a situação atual, mas Madara observa que o Naruto na frente deles era um clone, e diz que os Kage não estavam nada bem. Além disso, ele expressa irritação com a negligência ocasional de Nagato, Naruto então lança um ataque contra Madara, primeiro liberando B das estacas de chakra, em seguida, jogando-as em Madara, que bloqueia, e depois atacando com o Chō Mini Bijūdama. No entanto, Madara enviou a força de volta com seu gunbai, destruindo o clone antes de passar a lidar com o Jinchūriki.
Naruto, Killer B, e Guy todos se empenham em combater Madaraapós esse ponto. Madara oprimiu B e Guy, e então Naruto subiu para desafiá-lo, anunciando que ele era o filho do Quarto Hokage. Em resposta, Madara criou um dragão de madeira gigante para atacá-lo, comentando que ele não mais iria pegar leve com Naruto. Em resposta, Naruto respondeu utilizando o modo completo do seuModo Bijū, esmagando e mordendo o dragão. Como o dragão finalmente ganhou a mão superior na luta e começou a absorver o chakra de Kurama, fazendo com que o modo parasse. Ouvindo os ideais de Madara, mais uma vez, Naruto notou que o incomodou, e então cria um clone de sombra para interceptar o ataque de Obito, enquanto ele protegia Guy e B. Ele disse que não era lixo e que ele nunca se tornaria lixo e que ele iria proteger seus companheiros. Depois de se Kakashi juntar a seu lado, ele se preparam para enfrentar os seus adversários de frente. Como Obito começa a atacar, ele prende o clone de Naruto com uma técnica de Mokuton, e tenta enviar Kakashi para a outra dimensão, no entanto, Naruto cabeçeia ele, ousadamente negando a alegação de Obito que Kakashi é lixo.
Como Obito recupera a compostura, ele ataca um Kakashi de chakra drenado, querendo levá-lo para outra dimensão para fazer que ele não atrapalhasse seus planos, Kurama pede que Naruto troque de lugar para ele. Como Naruto faz isso, Kurama pega a mão de Kakashi e arremessa-lo em Obito, fazendo com que Kakashi seja absorvido, para grande choque de Naruto, a que Kurama simplesmente diz que Naruto agora pode lutar sem hesitação. Naruto começa seu ataque em Obito com seus braços de chakra, mas, seu ataque passa através dele, e Obito tosse sangue, e Kurama revela que deu à Kakashi seu chakra para que ele pudesse atacar Obito na outra dimensão e que ele também poderia voltar para o mundo real, usando o Kamui. Enquanto isso, Naruto e B, carregam uma Bijūdama, e disparar quando ela chega em um tamanho enorme na Estátua, na esperança de destruí-la e acabar com o conflito de uma vez por todas. Como B gritou que era o fim e Naruto proclamou que seu chakra desapareceu, o Jūbi incompleto emerge da fumaça e Obito declara que era o fim do mundo.
Como o enorme demônio ruge, Naruto nota que ele não consegue sentir nenhuma presença vindo da besta. Kurama explica que o Jūbi é nulo de pensamento e de sentimentos, mas ele é composto de energia semelhante ao chakra da natureza. Naruto tenta avaliar melhor o seu poder usando oSennin Mōdo, mas se depara com o poder imensurável do Jūbi. Como Kurama começa a restaurar o chakra de Kakashi e Guy respectivamente, os ataques do Jūbi rapidamente se dirigem para ela. Apesar da situação, Naruto fica feliz em ver Kurama realmente trabalhar com seus amigos, assim como Kakashi. Kurama e Gyūki lançam uma Rajada de Bijūdama no Jūbi, que facilmente desvia com sua própria Bijūdama. Após a poeira baixar, Kakashi e um clone de Naruto aparecem acima do Jūbi, onde Kakashi teleporta Gyūki na frente da besta para lançar uma Bijūdama, onde a besta simplesmente lança de volta para Gyūki, deixando o clone de Naruto, e Kakashi abertos para um ataque.
Após o clone com sucesso empurrar Kakashi para fora do caminho, e é dissipada pela cauda do monstro, Obito reflete em quanto Naruto era parecido com ele. Com o Modo Bijū esgotado, Kurama diz a Naruto para comprar-lhe algum tempo, enquanto ela gera mais chakra para usar. Naruto ataca Obito, mais uma vez, indicando o seu sonho de se tornar Hokage, que leva Obito para dizer a ele que faria dele o Hokage dentro do Tsukuyomi Infinito, e como o Jūbi se prepara para disparar uma Bijūdama, ele pede para que Naruto desapareça juntamente com este mundo. Quando acontece o incêndio causado pela bola, os shinobi ficam chocados ao perceber que o animal tinha errado. Só então, a partir de cima, Ino, Hinata, Neji e alguns outros chegaram e é revelado que Ino foi capaz de mudar a explosão após assumir o controle da besta por uma fração de segundo. Encobrindo o campo de batalha em névoa para impedi-los de ser detectado, toda a Força Aliada chega ao campo de batalha, e Naruto anuncia que eles não eram mais uma multidão desordenada, antes de anunciar que a o "Jutsu da Aliança Shinobi" podia parar o Tsukuyomi.
Após uma breve conversa com Obito, Naruto perguntou a Shikaku, pela técnica de telepatia de Inoichi se ele tinha comprado bastante tempo, que o estrategista respondeu afirmando. Como as Forças Aliadas aparentemente conseguem prender o Jūbi com a sua estratégia de batalha, Naruto entrou no Modo Sennin e se preparou para atacar os dois Uchiha com um Rasenshuriken. Ele joga o Rasenshuriken como planejado, porém, tanto ele quanto os ataques dos outros Shinobi são apenas repelidos pela besta que emerge em sua forma madura, fazendo com que o ataque de Naruto e dos outros sejam mandados de volta. Naruto se levanta e olha em estado de choque a transformação do animal.
Logo, o Jūbi começa a lançar Bijūdama em aldeias vizinhas, e em seguida dispara uma na sede da Aliança, embora não antes de Shikaku e Inoichi retransmitirem sua estratégia de batalha final. Naruto pergunta o que lhes aconteceu, mas de repente Neji e Hiashi defende-o de um ataque de entrada e lhe diz para não se distrair no campo de batalha. Depois de lembrar a Naruto que ele é a chave para sua estratégia, os dois, além de Hinata, declaram que irão protegê-lo. O Jūbi em seguida, começa a disparar uma saraivada de lanças de madeira que provam difícil de defender. Naruto consegue entrar no Modo Sennin e lançar um Rasenshuriken em alguns projéteis, mas seu chakra Senjutsu esgota. Logo a besta lança um ataque localizado a Naruto, onde os Hyūga não são capazes de desviar a tempo. Hinata se prepara para defender Naruto como escudo humano, apenas para Neji tomar o golpe fatal em seu lugar. Neji lembra a Naruto que Hinata, assim como todos os outros, está disposto a morrer por ele. Quando Naruto implora em saber por que ele tinha se sacrificado por ele, ele diz que é porque ele foi chamado de gênio, lembrando-o de sua primeira batalha. Devastado, Naruto e Hinata choram como Neji morre nos braços de Naruto.
Obito então provoca Naruto, lembrando-lhe de sua declaração inicial de que ele não iria deixá-lo matar qualquer um de seus companheiros e dizendo que muitos shinobi já estavam mortos. Naruto então ficou em um estado de confusão e depressão como Obito atacou suas crenças, dizendo-lhe que só levaria a mais do mesmo. Como Obito tenta seduzir Naruto em se juntar ao seu plano, Hinata consegue tirar Naruto de seu transe. Ela diz a ele que sua vida estava ligada a todos que compartilharam suas crenças e estavam dispostos a sacrificar suas vidas por ele como Neji tinha feito, que ele não deve desistir e não deve deixar que suas mortes fossem em vão. Kurama também em na conversa, lembrando a Naruto do sacrifício similar que seus pais fizeram para protegê-lo. Com sua confiança restaurada e suas crenças reafirmadas, Naruto agradece a Hinata por ficar ao seu lado e pega a mão dela entrando novamente no Bijū Mōdo, transferindo um pouco do chakra de Kurama para ela, fortalecendo-a. Ele então usa alguns clones das sombras para transferir o chakra de Kurama para todo mundo que ainda está vivo na batalha, especialmente para os clãs que formam o Ino–Shika–Chō, fortalecendo suas respectivas técnicas.
Quando Naruto termina de distribuir chakra para o resto da Aliança Shinobi, ele lidera um ataque enquanto prepara dois Rasenshuriken. Um deles é usado para cortar um par de caudas do Jūbi. Ele se prepara para jogar a segunda em Obito, mas seu ombro deslocado o atrapalha. Hinata rapidamente o endireita com seu punho suave, permitindo-lhe lançar sua técnica, reduzindo com sucesso a conexão de Obito à besta, ao lado de Lee que ataca Madara.
A dupla Uchiha rapidamente se recupera e começam a atacar as Forças Aliadas diretamente com técnicas colaborativas. Naruto consegue salvar todos os seus aliados de serem mortos pelo ataque, mas acaba voltando ao seu modo de chakra inicial, o qual Kurama adverte Naruto para ser cuidadoso, pois é difícil controlar tanto chakra ao mesmo tempo e isso pode deixá-lo esgotado rapidamente. Obito então confronta Naruto, dizendo que ele está se contradizendo ao dizer que ele está mais próximo de seus amigos depois que eles morreram, mas ainda deseja protegê-los. Naruto rejeita as palavras de Obito completamente, dizendo-lhe que as suas palavras são sem sentido e que um solitário não entenderia. De repente, o Jūbi começa a atacar, distorcendo completamente o clima em torno da área em poderosas tempestades. Quando Kakashi tenta parar o demônio com o Kamui, Obito intervém. Naruto, preocupado, chama por seu sensei, Kakashi então diz a Naruto para ele cuidar das coisas por aqui, enquanto os dois ex-amigos se teletransportam de volta para a dimensão alternativa.
Depois de Naruto proteger todos do Tenpenchii do Jūbi, Naruto fica incapaz de manter o seu modo chakra da Kyūbi, dizendo que ele estava sem gás enquanto olha para o Jūbi, respirando com dificuldade. Naruto, em seguida, cai com um joelho enquanto o chakra de Kurama que ele havia transferido para a Aliançadesaparece. Apesar disso, no entanto, os membros da aliança protegem Naruto enquanto Sakura o cura. Logo, o Jūbi prepara uma Bijūdama gigante, só para ser interrompida pela chegada do pai reencarnado de Naruto. Após enviar a Bijūdama do Jūbi para o mar, Naruto diz que ele sentiu seu chakra no Bijū Mōdo, assim como dos outros Hokage que chegam depois. Minato veste o manto de chakra do Bijū Mōdo, para grande choque dos outros, fazendo Naruto se gabar de seu pai para Kurama. Depois de selar o Jūbi em uma barreira, Sasukee o Jūgo chegam ao campo de batalha. Depois de uma discussão entre os Nove Novatos originais e Sasuke declarar a todos que ele vai mudar a vila e se tornar Hokage, Naruto, finalmente curado, fica ao lado de Sasuke e diz que é ele quem irá se tornar Hokage. Naruto e Sasuke se movem para o campo de batalha, seguidos de perto por Sakura, Naruto diz que o Time 7 esta de volta, enquanto se preparam para enfrentar o Jūbi.
Quando o resto dos Nove Novatos se reúnem com eles, eles partem. Os Hokage usam a barreira para conter uma Bijūdama do Jūbi, e Hashirama cria uma abertura na barreira para eles avançarem. Quando Sakura começa a lançar os clones em miniatura do Jūbi para longe, Naruto fica chocado e comenta mentalmente que nunca irá provocá-la novamente. Quando ela momentaneamente baixa a guarda, ele e Sasuke a protegem. Sakura agradece Sasuke, se esquecendo de Naruto, levando-o a queixar-se. Naruto fica irritado quando ela declara que se Sasuke e Naruto começassem a lutar novamente, ela iria pegar o cargo de Hokage antes deles. Enquanto o trio estava junto, de costas um para o outro, Naruto examina o Amaterasu e o Mangekyō Sharingan de Sasuke, enquanto Sasuke examina o Bijū Mōdo de Naruto. Pouco depois de discutir com Kiba, Naruto salva Sai depois que sua tentativa de ataque aéreo ao corpo principal do Jūbi falhou. Sai pergunta para Naruto se ele conseguia transferir seu chakra para a Aliança, mas ele explica que não podia, já que Kurama ainda estava moldando mais chakra. Sai sugere que seria melhor derrotar os clones maiores, e se aproximar perto o suficiente para atacar o próprio Jūbi, mas eles estavam muito longe para saltar de uma só vez. Ele explica, porém, que se eles sofressem ferimentos graves, o grupo de médicos não seria capaz de segui-los na linha de frente. Naruto, Sakura e Sasuke usam simultaneamente suas técnicas de invocação, dizendo que, felizmente, eles tinham uma solução para o problema. Naruto invoca Gamakichi, enquanto Sasuke e Sakura invocam Aoda e Katsuyu, como cada um com uma solução para o problema.
Naruto pergunta quem era sua invocação, mas depois de perceber que era Gamakichi, ele fica chocado com seu rápido crescimento. Naruto, Sakura e Sasuke, devido às suas invocações são anotados pelos espectadores com sendo o novo Impasse de Três Vias com cada um usando a sua invocação para um propósito. Gamakichi salta para o alto e usa sua tantō para proteger tanto Naruto quanto ele dos ataques dos guardas. Naruto cria um Fūton: Chōōdama Rasenshuriken, e o joga no Jūbi. Quando ele e Sasuke atacam o Jūbi, eles são aplaudidos pelo resto dos Nove Novatos, incluindo Sakura, que derrama algumas lágrimas. A técnica de Naruto se funde com oEnton: Susanoo Kagutsuchi de Sasuke, criando uma massa em forma de shuriken de chamas negras, que atinge o Jūbi. Naruto, então, pede para Sasuke apagar as chamas para que ele e Kurama possam tirar os outros bijū de dentro do corpo do Jūbi. Querendo acabar com o sistema distorcido, Sasuke se recusa a fazê-lo, o que irrita Naruto. Quando Obito volta da outra dimensão e Madara começa a controlá-lo, ele solta um grito que faz Naruto o olhar em choque.
Ele se mobiliza depois de ter sido instruído por Hashirama à parar Obito, Naruto grita para Sasuke quando ele corre em direção a seu alvo. No entanto, ambos os jovens são superados por Minato que cria um clone e usa o Hiraishin no Jutsu para se teleportar para onde Obito esta. Ainda fazendo o seu caminho para onde Sasuke e agora seu pai estavam, Naruto fica chocado ao ver o animal começar a desaparecer. Usando os braços de chakra para agarrar seu pai e Sasuke, Naruto nota que este era o plano de Obito o tempo todo. Notando que ele sentiu o chakra da besta sendo absorvido por Obito, e por ter visto o Gedō: Rinne Tensei no Jutsu antes, ele percebe que os selos eram completamente diferentes. Mais tarde, ele vê Hashirama tentar conter Obito sem sucesso e depois olha em choque quando Obito facilmente destrói partes dos corpos de Hashirama e Tobirama. Naruto fica preocupado sobre como proteger os Hokage, mas Sasuke diz que eles estavam usando seus corpos imortais para ganhar um conhecimento das habilidades de Obito para que eles possam encontrar uma maneira de derrotá-lo o que leva Sasuke dizer para Naruto para ele parar de se preocupar com eles. Minato, embora salientando a inteligência de Sasuke, observa que seus corpos levam um tempo para se reconstruir então ele teria que criar uma abertura para eles. Enquanto Minato se prepara para usar o Rasen Senkō Chō Rinbu Kōsan Shiki, Obito faz um truque para atacar Naruto, mas é bloqueado pelo Susanoo de Sasuke. Sasuke tenta atacar Obito, porém, Obito pega ele e Naruto de surpresa, quebrando a defesa do Susanoo e atacando os dois.
Com Minato incapaz de se teletransportar para ajudá-los, Naruto, lembrando das palavras de seu pai, sobre como o Hiraishin no Jutsu funciona, cria dois braços de chakra e agarra Sasuke e anexa o outro em seu pai, permitindo que Minato consiga teletransportá-los para a segurança. Assistindo em como a cena se desenrola no campo de batalha, sob o comando de seu pai, Naruto se prepara para lançar um ataque de colaboração em Obito depois que seu pai ataca o Uchiha. Observando que Obito atacou a si mesmo, e logo em seguida Minato, um Naruto preocupado é repreendido por Sasuke que o lembra que eles precisam se preparar para atacar. Quando seu pai é capaz de aparentemente desviar do ataque de Obito e se teletransportar de volta para eles, Naruto e os outros ficam em choque ao notarem que uma bola da substância misteriosa ficou presa em Minato começa a brilhar e se expandir. Sendo salvos por Tobirama que teletransporta a esfera para longe deles, Naruto o agradece, mas Tobirama repreende o jovem por sua forma de se dirigir a ele. Ele e Sasuke mais tarde lançam seu contra-ataque contra Obito formando outroRasenshuriken infundido com o Kagutsuchi. Quando eles atacam, Minato se teletransporta na frente deles para tomar o golpe da técnica, em seguida, ele junto com Tobirama usam o Goshun Mawashi no Jutsu para criarem um ataque surpresa no novo jinchūriki.
Quando ele voltou para o lado de seu companheiro, Naruto explicou a Sasuke que o senjutsu funcionava, em seguida, observou que ele, então, irá usar Kawazu Kumite para combater o jinchūriki. Mais tarde, ele viu Obito criar uma enorme árvore que ele usou para preparar quatro Bijūdama para atacar a Aliança. Enquanto se preparavam para desviar os ataques, Obito os prende dentro de uma barreira e continua a repreender seu pai, dizendo à Naruto que seria seu aniversário no dia seguinte, mas este declara que o mundo não ia acabar porque ele estava nele. Batendo os punhos com seu pai, ele o chamou para ficar pronto quando ele vestiu o Bijū Mōdo, Naruto combinou sua assinatura de chakra com a de seu pai, recombinando as duas metades do chakra de Kurama, reforçando o manto de chakra no resto do exército de shinobi, mas, Obito dispara as Bijūdama. Ao ligar o seu chakra com o de Minato, seu pai foi capaz de usar o Hiraishin no Jutsu e teletransportar todos para fora da barreira de Obito em segurança. Quando Minato disse que ele queria falar com Naruto, o jovem rejeitou isso, dizendo que eles poderiam dizer tudo o que queriam um para o outro com um simples olhar, e que tanto os sentimentos de seu pai quanto os de sua mãe já havia sido transmitidos a ele.
Entrando em seu Bijū Mōdo completo com o vigo renovado, o ataque de Naruto em Obito foi interrompido por Tobirama, que lembrou o jovem que apenas técnicas relacionadas ao Sennin Mōdo eram eficazes contra o seu adversário. Esquecendo completamente deste detalhe, Naruto se irrita com Kurama, zombando de sua estupidez, antes de serem lembrados da vez em que ele entrou no Sennin Mōdo enquanto utilizava o poder de Kurama. Entrando no Sennin Mōdo, Naruto é acompanhado por seu pai no Bijū Mōdo também, e, juntos, os dois homens criam um enorme Rasengan com chakra senjutsu e são teletransportados para a localização de Obito por Tobirama. Este ataque, no entanto, é previsto pelo alvo, levando-os a reajustar sua estratégia, criando um Bijūdama reforçada com energia natural. Antes que eles possam lançar o ataque, Naruto e sua equipe ficam prestes a ficar cara-a-cara com o Jūbi mais uma vez, quando Obito da continuidade em seu Plano Olho da Lua.